Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP043523 | 248,615 | 0 | T | C | 64.2% | 1468.7 / inf | 1301 | intergenic (‑191/‑349) | FTN78_chr0306/FTN78_chr0307 | Mobile element protein/Type I restriction‑modification system, restriction subunit R |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (255/210); new base C (451/382); total (709/592) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 1306 total aligned reads displayed.
GGATACTCGGTAAGAGGGCATTACAACGGCGGACAAAGCGAGAATATTCTAGGAAATTAGGAAATAAACTTTGAGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCAGAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTCAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGCTTTCTAATGCTT > CP043523/248466‑248764 | gATACTCGGTAAGAGGGCATTACAACGGCGGACAAAGCGAGAATATTCTAGGAAAGTAGGAAATAAACTTTGAGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATc > 2:4069509/1‑150 (MQ=255) aTACTCGGTAAGAGGGCATTACAACGGCGGACAAAGCGAGAATATTCTAGGAAATTAGGAAATAAACTTTGAGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCAGAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAACCt < 2:3563840/150‑1 (MQ=255) acccGGCAAGAGGGCATCACAACGGCGGACAAAGCGAGAATGTACTAGGAAATTAGGAAATAAACTCTGAGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGGTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCAGAGGTCCCAAGCGATACCTAAGCAACCtcc > 2:3100024/4‑148 (MQ=14) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |