Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP043523 | 839,351 | 0 | G | A | 58.3% | 398.7 / inf | 995 | A144A (GCC→GCT) | FTN78_chr0891 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (191/223); new base A (283/295); total (475/520) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.12e-02 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 1005 total aligned reads displayed.
AGATAATCCATTGATCCCTCCTATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTT > CP043523/839202‑839500 | agaTAATCCATTGATCCCTCCTATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTgg < 1:1075264/150‑1 (MQ=255) agaTAATCCATTGATCCCTCCTATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTgg > 1:1346668/1‑150 (MQ=255) aTCCATTGATTCCTCCTACATAACACGTTGGCGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCttt < 2:1228966/150‑1 (MQ=255) aTCCATTGATCCCTCCTATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCttt > 2:24753/1‑150 (MQ=255) aTCCATTGATCCCTCCTATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCttt > 2:24036/1‑150 (MQ=255) cATTGATCCCTCCTACATAACACGTTGGCGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTtg > 1:1200578/1‑150 (MQ=255) aTCCCTCCTATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCa < 1:4226475/150‑1 (MQ=255) cccTCCTACATAACACGTTGGCGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACt > 1:2392633/1‑150 (MQ=255) cctcctATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACtt < 2:3246817/150‑1 (MQ=255) tcctATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCa < 1:887490/150‑1 (MQ=255) cctATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCaa > 2:2081286/1‑150 (MQ=255) cctATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCaa > 1:3154715/1‑150 (MQ=255) atataACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAActc > 1:2883059/1‑150 (MQ=255) acataACACGTTGGCGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGGGCCACTTCAActc < 2:3420682/148‑1 (MQ=255) cataACACGTTGGCGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAActcg < 1:2196028/149‑2 (MQ=255) aaCACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAgg > 1:1980152/1‑150 (MQ=255) cacGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGaa < 1:1008216/150‑1 (MQ=255) acGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGaat < 2:1160392/150‑1 (MQ=255) acGTTGGCGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGaac > 1:2758350/1‑149 (MQ=255) cGTTGGCGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTAACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTACCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGaaca < 2:157275/150‑3 (MQ=255) ttggcGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGaacaat < 2:1508613/146‑1 (MQ=255) ttGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGaataat < 2:3588025/150‑1 (MQ=255) tggcGTTTAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACCTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTGTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAAtc > 2:4506213/4‑150 (MQ=255) tttAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCAcc > 1:1414216/1‑150 (MQ=255) tAGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCAccct < 1:651814/150‑3 (MQ=255) tAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCtt < 2:2155/150‑1 (MQ=255) aGGGTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCctt < 2:1437802/150‑1 (MQ=255) gggTTATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCcttt < 2:2284911/150‑1 (MQ=255) ggCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTta < 1:2689455/150‑1 (MQ=255) ggCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTta < 1:2814667/150‑1 (MQ=255) gttATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTtat > 2:1283792/3‑150 (MQ=255) tATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTatat > 1:487645/1‑150 (MQ=255) tATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGTTCTACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTatat > 2:2915271/1‑150 (MQ=255) tATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTatat < 2:4545878/150‑1 (MQ=255) atcatcTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATc > 2:2689644/1‑150 (MQ=255) aTCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATc < 1:1494546/150‑1 (MQ=255) tCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCa < 1:80857/150‑1 (MQ=255) catCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCaa > 2:333300/3‑150 (MQ=255) catCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCaa > 2:1898397/3‑150 (MQ=255) gTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAAt > 1:94428/1‑150 (MQ=255) cTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAAttt < 2:3039306/150‑1 (MQ=255) cTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAAttt > 1:2147040/1‑150 (MQ=255) cTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAAttt > 1:2052703/1‑150 (MQ=255) 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ttCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTc < 2:3119746/150‑1 (MQ=255) tCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCa > 1:3895605/1‑150 (MQ=255) cAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCAc < 2:659065/150‑1 (MQ=255) ataatTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCt > 1:737991/1‑150 (MQ=255) tttCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAAGTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAGTTTTTATCTGATTTTTAAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACaa > 2:4217732/1‑150 (MQ=255) tttCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACaa < 2:2611827/150‑1 (MQ=255) ccTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTAGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAAc < 1:3984411/150‑1 (MQ=255) tGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCt > 1:1142100/1‑150 (MQ=255) tGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCt > 2:1074587/1‑150 (MQ=255) ttCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCACCTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCGTATTTTTATAAAGTGACACAGCGATTTTTGTGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTc < 2:4351033/150‑1 (MQ=255) aGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATg > 2:2565696/1‑150 (MQ=255) gAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATgg < 2:772831/150‑1 (MQ=255) | AGATAATCCATTGATCCCTCCTATATAACACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTT > CP043523/839202‑839500 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |