| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 839,380 | 0 | T | C | 58.4% | 639.1 / inf | 961 | I135V (ATT→GTT) | FTN78_chr0891 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (172/227); new base C (254/306); total (427/534) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 987 total aligned reads displayed.
ACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAG > CP043523/839231‑839529 | acGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGaat > 1:383531/1‑150 (MQ=255) cGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGaata < 1:1313878/150‑1 (MQ=255) gTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGaataa < 1:2992092/150‑1 (MQ=255) 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ttATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTtata < 2:1744087/149‑1 (MQ=255) ttATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTGACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTtata < 1:3551213/149‑1 (MQ=255) tATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTatat < 2:4545878/150‑1 (MQ=255) atcatcTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATc > 2:2689644/1‑150 (MQ=255) aTCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATc < 1:1494546/150‑1 (MQ=255) 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tttGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTa < 1:1601734/150‑1 (MQ=255) tgtgCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTaaa < 1:607362/150‑1 (MQ=255) tgtgCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTaaa > 1:3067030/1‑150 (MQ=255) tgggCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTCTTTaaa > 2:3052513/4‑150 (MQ=255) ngCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGt > 2:166576/2‑150 (MQ=255) ggCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGt < 1:4306243/149‑1 (MQ=255) gCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGtt < 2:636425/150‑1 (MQ=255) acACGTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGGAAAACAATAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCGTTTACTTTTTCACATACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGtca > 2:2092340/2‑148 (MQ=255) ttCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAAtc < 2:289438/150‑1 (MQ=255) ctcgaGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCat < 1:2585277/146‑1 (MQ=255) tctAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCatt < 2:4520491/150‑1 (MQ=255) gaGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCattat > 1:1944182/2‑150 (MQ=255) | ACGTTGTCGTTTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAG > CP043523/839231‑839529 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |