Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP043523 | 839,390 | 0 | T | C | 58.1% | 634.1 / inf | 966 | K131K (AAA→AAG) | FTN78_chr0891 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (178/226); new base C (259/302); total (438/528) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 995 total aligned reads displayed.
TTAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTAC > CP043523/839241‑839539 | tAGGGCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCtt < 2:2155/150‑1 (MQ=255) ggCTATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTta < 1:2814667/150‑1 (MQ=255) tATCGTCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTatat > 1:487645/1‑150 (MQ=255) tATCATCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTatat < 1:3153069/150‑1 (MQ=255) tCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCTTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCTACTTAAAGTATAGGAATAATCTCCCCTTTTATATCAAtt > 1:2945276/1‑150 (MQ=255) tCTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTGGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAAtt > 1:3542279/1‑150 (MQ=255) cTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCACCTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAAttt > 1:2281124/1‑150 (MQ=255) cTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAAttt > 1:2403513/1‑150 (MQ=255) cTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAAttt < 1:4220871/150‑1 (MQ=255) cTTTACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAAttt > 2:2794171/1‑150 (MQ=255) ttACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAAttttt > 1:1085271/1‑150 (MQ=255) tACTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACTGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATAATTTCCTGTTCCAGAACTTGGGCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTa > 1:1826031/1‑150 (MQ=255) aCTTAATGTATTGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTAt > 1:2075903/1‑150 (MQ=255) 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tGACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTaa > 2:3050683/1‑150 (MQ=255) gACTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTaaa > 1:91433/1‑150 (MQ=255) aCTTTTACTTTAAGTTTAACCGTAAGTTCCAATCCAAAGAACCTTTTTAATCCTTCAATGATTTCCTTTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTaaaa < 2:1572593/150‑1 (MQ=255) cTTTTACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTaaaaa > 2:4570922/1‑150 (MQ=255) ttttACTTTAAGTTTAACCGTATGTTCCAATCCAAAGAAACTTTTTAACCCTTCAATGATTTCCTGTTCCAGAACTTGAGCTTTTTGGGCCACTTCAACTCGAGGAACAATCTCACCCTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTaaa < 1:2741822/147‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |