Predicted mutation | ||||||
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RA | CP043523 | 1,884,804 | G→T | S162S (TCG→TCT) | FTN78_chr1930 → | Putative UV‑damage repair protein UvrX |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP043523 | 1,884,804 | 0 | G | T | 99.6% | 902.4 / NA | 270 | S162S (TCG→TCT) | FTN78_chr1930 | Putative UV‑damage repair protein UvrX |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
GTCGCTTTCATTGAATCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCACAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATAGAAGTTACGGATATTCTAACCAATTATACATCAATTGATGAAATTCATTCTTACTCGATTGATGAGTCGTTTCTTGACGTAACAGAATCACTCAATTTCTTTTATCCTGAGATTAAAAATCGTTATGAACAAATGAATCGAATTGCTTTAGACTTGCAACGTGAGATTCGAGATAAACTCGGACTATATGTGACTGTGGGCATGGGA > CP043523/1884658‑1884942 | gTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCtttt < 1:1890701/150‑1 (MQ=255) gTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATGCACTCCTACTCGATTGATGAATCtttt > 1:4071749/1‑150 (MQ=255) gCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTAATGAATCAtttttg > 2:10803/1‑147 (MQ=255) ttttATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCttttttgga > 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cactcctACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATATGAACAGATGAATCGAATTGCTTTAGACTTGCAACGTGAGATTCGAGATAAACTAGGACTATATGTGACt > 1:1394986/7‑150 (MQ=255) ctcctACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCAATGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATATGAACAGATGAATCGAATTGCTTTAGACTTGCAACGTGAGATTCGAGATAAACTAGGACTATATGTGACtgt > 2:3889663/5‑150 (MQ=255) tcctACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATATGAACAGATGAATCGAATTGCTTTAGACTTGCAACGTGAGATTCGAGATAAACTAGGACTATATGTGACtgtt > 2:3460837/4‑149 (MQ=255) cctACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATATGAACAGATGAGTCGAATTGCTTTAGACTTGCAACGTGAGATTCGAGATAAACTAGGACTATATGTGACtgttg < 1:727910/148‑3 (MQ=255) cctACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATATGAACAGATGAATCGAATTGCTTTAGACTTGCAACGTGAGATTCGAGATAAACTAGGACTATATGTGACtgttg > 2:529926/3‑148 (MQ=255) 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tCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATATGAACAGATGAATCGAATTGCTTTAGACTTGCAACGTGAGATTCGAGATAAACTAGGACTATATGTGACTGTTGGGATg < 2:3413214/150‑1 (MQ=255) | GTCGCTTTCATTGAATCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCACAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATAGAAGTTACGGATATTCTAACCAATTATACATCAATTGATGAAATTCATTCTTACTCGATTGATGAGTCGTTTCTTGACGTAACAGAATCACTCAATTTCTTTTATCCTGAGATTAAAAATCGTTATGAACAAATGAATCGAATTGCTTTAGACTTGCAACGTGAGATTCGAGATAAACTCGGACTATATGTGACTGTGGGCATGGGA > CP043523/1884658‑1884942 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |