| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP043523 | 2,214,930 | G→A | intergenic (+45/+35) | FTN78_chr2287 → / ← FTN78_chr2288 | Mobile element protein/Transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 2,214,930 | 0 | G | A | 99.7% | 1270.5 / NA | 389 | intergenic (+45/+35) | FTN78_chr2287/FTN78_chr2288 | Mobile element protein/Transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (199/189); total (200/189) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 477 total aligned reads displayed.
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acgttaactttccaAAAAAGTCTAACTTTTGGGGTGCACATCATTTTTGGTATTTATGAACGGTTTGTTCAGAAACTTCCCTTGAGGTAAAAATTAATGCTTCAAATGCTTTTTTACGGAGTTGTTCTAAGTATTTAATTTCTAGAtttt < 1:1482348/150‑1 (MQ=255) gttaactttccaAAAAAGTCTAACTTTTGGGGTGCACATCATTTTTGGTATTTATGAACGGTTTGTTCAGAAACTTCCCTTGAGGTAAAAATTAATGCTTCAAATGCTTTTTTACGGAGTTGTTCTAAGTATTTAATTTCTAGATTTTgg > 2:3126060/1‑150 (MQ=255) | TCAAGAAATATTTAAATACATTGAGACCTATTACAATACAAAAAGGATGCATTCAGGTCTTGATTACAAGTCTCCAAAAGACTTTGAAAAATATAATTCTTAAATTCTCTTAACTCCGTGTCTAGTTTTTCGTTGACTTTCCACGTTGACTTTCCAAAAAAGTCTAACTTTTGGGGTGCACATCATTTTTGGTATTTATGAACGGTTTGTTCAGAAACTTCCCTTGAGGTAAAAATTAATGCTTCAAATGCTTTTTTACGGAGTTGTTCTAAGTATTTAATTTCTAGATTTTGG > CP043523/2214783‑2215076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |