Predicted mutation | ||||||
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RA | CP043523 | 1,848,385 | G→T | A32S (GCA→TCA) | FTN78_chr1898 → | Cold shock protein of CSP family |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP043523 | 1,848,385 | 0 | G | T | 98.9% | 389.3 / ‑4.4 | 187 | A32S (GCA→TCA) | FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base T (92/93); total (92/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GAAATAAATATTATGGCAAATGGAACAGTAAAATGGTTTAACGCAGATAAAGGATTTGGCTTTATCACTTCAGAAGAAGGCAAAGATTTGTTCGCTCACTTCTCAGCAATCCAATCTGATGGATTCAAAACACTTGATGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCAAGCAGTTAATATCACAAAAGCATAATTGTATCTGAAAATCGTGCAAAAGCTGGAGTCATGACT > CP043523/1848280‑1848530 | aaTGGAACAGTAAAATGGTTTAAAGCAGATAAAGGATTTGGCTTTATAACTTCAGAAGAAGGAAAAGATTTGTTCGCTCACTTCTAAGAAATCAAATCTGATGGATTCAAAAAAAATAATGAAAATAAAAAAGTTGAATTTGATGTTgaa < 2:2630883/150‑1 (MQ=11) acgctactAAAGGATTTGGTTTTATTACCTCTGAAGATGGTCAAGATTTGTTCGCTCACTTCTCATCAATCCAATCTGATGGATTCAAATCACTTGACGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCAAg < 1:4602485/143‑1 (MQ=11) acgctactAAAGGATTTGGTTTTATTACCTCTGAAGATGGTCAAGATTTGTTCGCTCACTTCTCATCAATCCAATCTGATGGATTCAAATCACTTGACGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCAAg < 2:1611462/143‑1 (MQ=11) gctactAAAGGATTTGGTTTTATTACCTCTGAAGATGGTCAAGATTTGTTCGCTCACTTCTCATCAATCCAATCTGATGGATTCAAATCACTTGACGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCAAGCa > 2:3223076/6‑150 (MQ=11) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |