Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP043523 | 1,867,692 | T→C | D56D (GAT→GAC) | FTN78_chr1914 → | Site‑specific recombinase, DNA invertase Pin related protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP043523 | 1,867,692 | 0 | T | C | 99.7% | 1310.2 / ‑4.9 | 370 | D56D (GAT→GAC) | FTN78_chr1914 | Site‑specific recombinase, DNA invertase Pin related protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (183/185); minor base A (1/0); total (184/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
Only 100 of 370 total aligned reads displayed.
TACTTTTGAACAGAAATTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAATTTACGGGGACTACAGTTGAACGTCCACAATTTAATTTAGTGCTCAAAAAGTTAACAAATGGCGATACTTTAATTGTGACAAAGTTAGATCGATTAGCCAGGAACACTAAAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTTATATATTAAATATTGGACTTATCGATAATACACCGACAGGTCAACT > CP043523/1867551‑1867832 | aCTTTTGAACAAAAATTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAAtt < 1:741936/150‑1 (MQ=255) aCTTTTGAACAAAAATTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTAACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTCAAtt > 2:1735493/1‑150 (MQ=255) cTTTTGAACAAAAATTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATtg < 1:3984939/150‑1 (MQ=255) tttGAACAAAAATTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATtgtn < 2:1078968/150‑2 (MQ=255) ttGAACAAAAATTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGa > 2:3491824/1‑150 (MQ=255) ttGAACAAAAATTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGa > 2:1615355/1‑150 (MQ=255) ttGAACAAAAATTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGa > 2:2197499/1‑150 (MQ=255) tGAACAAAAATTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGAc > 1:2096007/1‑150 (MQ=255) tGAACAAAAATTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACCACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGAc > 2:2604863/1‑150 (MQ=255) gAACAAAAATTAGAATATCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACa > 2:3411536/1‑150 (MQ=255) caaaaaTTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAg > 1:283935/4‑150 (MQ=255) aaaaaTTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGt > 2:530508/3‑150 (MQ=255) aaaaaTTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGt < 2:2968160/148‑1 (MQ=255) aaaaTTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGtt > 1:4050982/2‑150 (MQ=255) aaaTTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTa < 1:4290439/150‑1 (MQ=255) aaTTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAg < 1:2006139/150‑1 (MQ=255) aaTTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAg < 2:1878045/150‑1 (MQ=255) aTTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGa > 2:2439307/1‑150 (MQ=255) aGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACCAAGTTAGACCg < 2:4067629/150‑1 (MQ=255) aGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGaccg > 1:225221/1‑147 (MQ=255) aGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGaccg > 1:3019804/1‑147 (MQ=255) aGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCg < 1:2153985/150‑1 (MQ=255) aaTCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGAt < 2:3273402/150‑1 (MQ=255) aTCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGAtt > 1:1975276/1‑150 (MQ=255) aTCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGAtt < 1:2366786/150‑1 (MQ=255) aaaTTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCa > 2:2791374/1‑150 (MQ=255) aaTTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGAAGAAGAAGTTTTCCAAAAAAAATTTACTGGAACTACAGTCAAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAg < 2:4479785/150‑1 (MQ=255) nttGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAgg > 2:947998/2‑150 (MQ=255) aTTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAgg > 2:638848/1‑150 (MQ=255) ttGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAGGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTGTAGTTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAgat > 2:1915594/1‑148 (MQ=255) ttGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGa < 1:3743822/150‑1 (MQ=255) gAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAac < 1:4417448/150‑1 (MQ=255) aaGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAaca < 2:2102204/150‑1 (MQ=255) aGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAacac > 2:3106716/1‑150 (MQ=255) gTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACt < 2:1882804/150‑1 (MQ=255) cTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTaga > 1:2266637/1‑148 (MQ=255) tGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTagag > 1:656401/1‑147 (MQ=255) gAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAgaga > 1:2563411/1‑150 (MQ=255) gAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAgaga > 1:3611045/1‑150 (MQ=255) gAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAgaga < 1:16940/150‑1 (MQ=255) aagaagCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAgagaag > 2:719345/1‑150 (MQ=255) aagCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGttt < 1:1847572/150‑1 (MQ=255) agCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGtttt > 2:2474186/1‑150 (MQ=255) cAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAg < 2:2146253/150‑1 (MQ=255) cAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAg > 2:673405/1‑150 (MQ=255) aGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGa > 1:1059678/1‑150 (MQ=255) ggAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGaa < 1:4590922/150‑1 (MQ=255) gAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGaaa < 1:335512/150‑1 (MQ=255) gAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGaaa > 2:809159/1‑150 (MQ=255) gAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGaaa > 1:3440036/1‑150 (MQ=255) gCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAAtt > 1:2176223/1‑150 (MQ=255) cAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTg > 2:2303986/1‑150 (MQ=255) agaagaAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGt > 1:3267976/1‑150 (MQ=255) agaagaAGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGt > 2:2906369/1‑150 (MQ=255) gaagaaGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGAGACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGtn < 2:4156189/150‑2 (MQ=255) gaagaaGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGtt > 1:392391/1‑150 (MQ=255) gaagaaGTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGtt > 2:2822864/1‑150 (MQ=255) aagaagTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTc < 1:1327637/150‑1 (MQ=255) agTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATc < 2:4566599/150‑1 (MQ=255) agTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATc < 1:3157294/150‑1 (MQ=255) agTTTTCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATc > 1:2899809/1‑150 (MQ=255) ttttCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGt < 1:2292561/150‑1 (MQ=255) ttCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTa < 1:1205598/150‑1 (MQ=255) tCCAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTAt > 2:1316043/1‑150 (MQ=255) ccAAGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATc > 1:4123342/1‑144 (MQ=255) aaGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTa < 2:1547025/150‑1 (MQ=255) aGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTaa < 2:121967/150‑1 (MQ=255) aGAAAAGTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGACAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTaa < 2:3977779/150‑1 (MQ=255) aaaagTTTACTGGAACTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATa < 2:3641522/150‑1 (MQ=255) tactggaaCTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAAt > 1:1923610/8‑150 (MQ=255) tactggaaCTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAAt < 2:4116922/143‑1 (MQ=255) actggaaCTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAAtt < 2:4308158/144‑1 (MQ=255) ctggaaCTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTa < 2:3908393/145‑1 (MQ=255) ggaaCTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAg > 1:576693/4‑150 (MQ=255) ggaaCTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAg < 1:3470129/147‑1 (MQ=255) ggaaCTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAg > 2:1425374/4‑150 (MQ=255) ggaaCTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAg > 1:874654/4‑150 (MQ=255) gaaCTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAgg < 2:3699760/148‑1 (MQ=255) gaaCTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAgg > 1:774946/3‑150 (MQ=255) aaCTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTCAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTCTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGt < 2:3984456/149‑1 (MQ=255) aaCTACAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGt > 1:2934333/2‑150 (MQ=255) aCAGTCGAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTcat < 2:589703/150‑1 (MQ=255) gtcgAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTcatata < 2:237289/147‑1 (MQ=255) tcgAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCatatat < 1:952297/148‑1 (MQ=255) cgAACGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATAtt < 1:38814/149‑1 (MQ=255) aaCGTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTaa > 1:1540023/1‑150 (MQ=255) gTCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTAAata > 1:1780698/1‑150 (MQ=255) tCCACAATTTAATCTAGTATTTAAAAAGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTAAgtat > 1:4080552/1‑150 (MQ=255) agtatttaaaaaGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGataa > 1:629958/8‑150 (MQ=255) gtatttaaaaaGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGataat > 1:1132781/7‑150 (MQ=255) tatttaaaaaGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGataata < 2:2678952/145‑1 (MQ=255) tttaaaaaGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGATAATaca > 2:2046824/4‑150 (MQ=255) tttaaaaaGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGATAATaca < 1:2628930/147‑1 (MQ=255) tttaaaaaGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGATAATaca < 2:1122017/147‑1 (MQ=255) ttaaaaaGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGATAATacac < 2:1590155/148‑1 (MQ=255) taaaaaGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGATAATACAcc > 1:4507991/2‑150 (MQ=255) aaaaaGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGATAATACAcct < 2:2412822/150‑2 (MQ=255) aaaaaGTTAAAGGATGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGATAATACAcct > 1:1625118/1‑149 (MQ=255) aggaTGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACACTAGAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGATAATACACCTACTGGTCagc > 1:1382809/4‑148 (MQ=255) ggaTGGTGACACTTTAATTGTGACAAAGTTAGACCGATTAGCCAGGAACAGTAGACATGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGGATTAAGGTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGATAATACACCTACTGGTCAGCt < 2:4437489/148‑1 (MQ=255) | TACTTTTGAACAGAAATTAGAATCTCAAATTGAAGTTCTGAAAGAAGCAGGAGCAGAAGAAGTTTTCCAAGAAAAATTTACGGGGACTACAGTTGAACGTCCACAATTTAATTTAGTGCTCAAAAAGTTAACAAATGGCGATACTTTAATTGTGACAAAGTTAGATCGATTAGCCAGGAACACTAAAGAAGTTTTAGAAATTGTTCAATCGTTATTTAATAGAGGAATTAAGGTTTATATATTAAATATTGGACTTATCGATAATACACCGACAGGTCAACT > CP043523/1867551‑1867832 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |