Predicted mutation | ||||||
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RA | CP043523 | 1,847,782 | A→G | intergenic (‑236/‑33) | FTN78_chr1896 ← / → FTN78_chr1897 | Mobile element protein/Cold shock protein of CSP family |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP043523 | 1,847,782 | 0 | A | G | 98.5% | 1769.4 / NA | 519 | intergenic (‑236/‑33) | FTN78_chr1896/FTN78_chr1897 | Mobile element protein/Cold shock protein of CSP family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (251/260); minor base T (8/0); total (259/260) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.64e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 519 total aligned reads displayed.
AAATCCTCATGAAAATCTGGGGAATCACAAGAAAATCAATAAGTTTTAAATAGACCAATTTGACTTTGGTAAGAATAGGTGTTACTATTAAGAGGTAGGTTTTGTCTCGAGTTTAAATGTTTTAGGAATGCACTTTTTCGCAAAATAGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTATATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGATTTT > CP043523/1847636‑1847928 | aaaTCCTCATGAAAATCTGGGGAATCACAAGAAAATCAATAAGTTTTAAATAGACCAATTTGACTTTGGTAAGAATAGGTGTTACTATTAAGAGGTAGGTTTTGTCTCGAGTTTAAATGTTTTAGGAATGCACTTTTTCGCAAAATGGGa > 2:962787/1‑150 (MQ=255) aaaTCCTCATGAAAATCTGGGGAATCACAAGAAAATCAATAAGTTTTAAATAGACCAATTTGACTTTGGTAAGAATAGGTGTTACTATTAAGAGGTAGGTTTTGTCTCGAGTTTAAATGTTTTAGGAATGCACTTTTTCGCAAAATGGGa < 2:3085096/150‑1 (MQ=255) aTCCTCATGAAAATCTGGGGAATCACAAGAAAATCAATAAGTTTTAAATAGACCAATTTGACTTTGGTAAGAATAGGTGTTACTATTAAGAGGTAGGTTTTGTCTCGAGTTTAAATGTTTTAGGAATGCACTTTTTCGCAAAATGGGAtt > 2:1313788/1‑150 (MQ=255) 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ttttAGGAATGCACTTTTTCGCAAAATGGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTACATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGcttatctc > 2:2204074/1‑150 (MQ=255) ttAGGAATGCACTTTTTCGCAAAATGGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTACATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGcttatctctt < 1:1631904/150‑1 (MQ=255) tAGGAATGCACTTTTTCGCAAAATGGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTACATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGcttatctctta > 1:424874/1‑150 (MQ=255) aGGAATGCACTTTTTCGCAAAATGGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTACATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGACAGATGATATGCAAGATGTGTTTGcttatctcttat > 2:808039/1‑150 (MQ=255) cgttttCGCAAAATGGGATTTACAGAGGAGGCGAAAGGAGGTAGTACATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAgg < 1:2094244/148‑1 (MQ=255) 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aaTGGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTACATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGAtttn < 2:122649/150‑2 (MQ=255) aaTGGGATATACAGATGATGCGAAAGGATGTATTACATGAATAAAGGAACAATATATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGTTGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGAtttt < 1:2007990/150‑1 (MQ=255) | AAATCCTCATGAAAATCTGGGGAATCACAAGAAAATCAATAAGTTTTAAATAGACCAATTTGACTTTGGTAAGAATAGGTGTTACTATTAAGAGGTAGGTTTTGTCTCGAGTTTAAATGTTTTAGGAATGCACTTTTTCGCAAAATAGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTATATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGATTTT > CP043523/1847636‑1847928 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |