| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP043523 | 1,867,953 | G→A | Q143Q (CAG→CAA) | FTN78_chr1914 → | Site‑specific recombinase, DNA invertase Pin related protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,867,953 | 0 | G | A | 99.5% | 1345.5 / NA | 399 | Q143Q (CAG→CAA) | FTN78_chr1914 | Site‑specific recombinase, DNA invertase Pin related protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (213/184); minor base C (0/2); total (213/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 402 total aligned reads displayed.
ATCGATAATACACCGACAGGTCAACTTATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAACTTTGCTAAAATCCATGATCCGAACTTTAAAGAAGGACGTCCTCAGAAATTTACTGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAATTAAAGCAGCAAGGTATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGACTCAAAAAAGAAGATTTATGAAGATCGCAAAAAATAAATCTATTGACAAAG > CP043523/1867807‑1868101 | attgATAATACACCTACTGGTCAGCTGATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAaaaa < 1:2199225/147‑1 (MQ=255) tgATAATACACCTACTGGTCAGCTGATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAAtt > 1:3024687/2‑150 (MQ=255) gATAATACACCTACTGGTCAGCTGATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAAttt < 1:992212/150‑1 (MQ=255) 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aaaaaTTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCt < 1:3751889/150‑1 (MQ=255) aaaTTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCa < 2:1172999/150‑1 (MQ=255) attttGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCaaa > 2:4060827/3‑150 (MQ=255) taagcttcATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAacgaag < 1:2543869/143‑1 (MQ=255) aagcttcATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGGTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAAcgaaga < 2:2160288/144‑1 (MQ=255) ttcATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTa < 1:3295825/148‑1 (MQ=255) ngcGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTg > 2:3914192/3‑150 (MQ=255) gTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACa > 1:2984111/1‑150 (MQ=255) ccTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACaaa > 1:4272810/1‑150 (MQ=255) ccTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACaaa > 2:602644/1‑150 (MQ=255) ccTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACaaa > 1:2905122/1‑150 (MQ=255) cTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACAAAg > 1:74861/1‑150 (MQ=255) | ATCGATAATACACCGACAGGTCAACTTATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAACTTTGCTAAAATCCATGATCCGAACTTTAAAGAAGGACGTCCTCAGAAATTTACTGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAATTAAAGCAGCAAGGTATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGACTCAAAAAAGAAGATTTATGAAGATCGCAAAAAATAAATCTATTGACAAAG > CP043523/1867807‑1868101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |