| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP043523 | 1,867,962 | T→C | T146T (ACT→ACC) | FTN78_chr1914 → | Site‑specific recombinase, DNA invertase Pin related protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,867,962 | 0 | T | C | 99.8% | 1424.6 / NA | 407 | T146T (ACT→ACC) | FTN78_chr1914 | Site‑specific recombinase, DNA invertase Pin related protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (209/197); minor base A (0/1); total (209/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 407 total aligned reads displayed.
TACACCGACAGGTCAACTTATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAACTTTGCTAAAATCCATGATCCGAACTTTAAAGAAGGACGTCCTCAGAAATTTACTGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAATTAAAGCAGCAAGGTATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGACTCAAAAAAGAAGATTTATGAAGATCGCAAAAAATAAATCTATTGACAAAGACTATTGAAA > CP043523/1867815‑1868111 | taCACCTACTGGTCAGCTGATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCga < 1:3680644/150‑1 (MQ=255) acacCTACTGGTCAGCTGATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCgaa > 2:1130920/1‑150 (MQ=255) acacCTACTGGTCAGCTGATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCgaa > 1:468738/1‑150 (MQ=255) 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ttcATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGATATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTa > 2:3070238/3‑150 (MQ=255) ccTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACaaa > 2:3150498/1‑150 (MQ=255) ccTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACaaa > 1:4488729/1‑150 (MQ=255) ccTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACaaa > 1:4272810/1‑150 (MQ=255) cTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACAAAg > 1:74861/1‑150 (MQ=255) 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tACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACAAAGACTATTGaaa > 2:2891503/1‑150 (MQ=255) tACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACAAAGACTATTGaaa < 1:1154989/150‑1 (MQ=255) | TACACCGACAGGTCAACTTATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAACTTTGCTAAAATCCATGATCCGAACTTTAAAGAAGGACGTCCTCAGAAATTTACTGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAATTAAAGCAGCAAGGTATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGACTCAAAAAAGAAGATTTATGAAGATCGCAAAAAATAAATCTATTGACAAAGACTATTGAAA > CP043523/1867815‑1868111 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |