| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP043523 | 1,847,985 | T→A | G57G (GGT→GGA) | FTN78_chr1897 → | Cold shock protein of CSP family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP043523 | 1,847,985 | 0 | T | A | 99.7% | 1112.7 / NA | 336 | G57G (GGT→GGA) | FTN78_chr1897 | Cold shock protein of CSP family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (113/222); minor base C (0/1); total (113/223) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
GTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGATTTTAAAAAATACGATGAAGGTCAAAAGGTTACTTTTGATATCAAAATGACGTCTCGTGGTCGTTATGCTTCAAACGTACATAAAAGATAAATGAGTTAAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAAT > CP043523/1847838‑1848131 | gTTTAACGCCGACAAAGGCTATGTTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGATTTTAAAAAATACGATGAAGGTCAAAAGGTTACTTTTGATATCAAAATGACGTCTCGTGGACg < 2:3680120/150‑1 (MQ=255) tttAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGATTTTAAAAAATACGATGAAGGTCAAAAGGTTACTTTTGATATCAAAATGACGTCTCGTGGACGt > 1:3019046/1‑150 (MQ=255) ttAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGATTTTAAAAAATACGATGAAGGTCAAAAGGTTACTTTTGATATCAAAATGACGTCTCGTGGACGtt > 2:3906046/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |