| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP043523 | 1,867,917 | 2 bp→GC | coding (393‑394/585 nt) | FTN78_chr1914 → | Site‑specific recombinase, DNA invertase Pin related protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,867,917 | 0 | A | G | 99.6% | 1556.1 / NA | 440 | K131K (AAA→AAG) | FTN78_chr1914 | Site‑specific recombinase, DNA invertase Pin related protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (242/196); minor base T (1/1); total (243/197) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP043523 | 1,867,918 | 0 | A | C | 100.0% | 1554.0 / NA | 441 | I132L (ATC→CTT) | FTN78_chr1914 | Site‑specific recombinase, DNA invertase Pin related protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (244/197); total (244/197) | |||||||||||
Only 100 of 441 total aligned reads displayed.
TAAGGTTTATATATTAAATATTGGACTTATCGATAATACACCGACAGGTCAACTTATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAACTTTGCTAAAATCCATGATCCGAACTTTAAAGAAGGACGTCCTCAGAAATTTACTGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAATTAAAGCAGCAAGGTATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGACTCAAAAA > CP043523/1867779‑1868058 || tAAGGTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGATAATACACCTACTGGTCAGCTGATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATcc < 1:2303986/150‑1 (MQ=255) ggTTCATATATTAAATATTGGTCTTATTGATAATACACCTACTGGTCAGCTGATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATccaag > 1:3034341/1‑147 (MQ=255) tAAATATTGGTCTTATTGATAATACACCTACTGGTCAGCTGATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAaggaag > 1:2719719/1‑150 (MQ=255) ttGGTCTTATTGATAATACACCTACTGGTCAGCTGATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTc > 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aggaaAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGc > 2:639571/1‑150 (MQ=255) ggaaAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCg > 1:2506944/1‑150 (MQ=255) ggaaAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCg < 2:1623954/150‑1 (MQ=255) gaaAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCgg > 1:1840945/1‑149 (MQ=255) aaaaaaTTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCggc > 1:1012662/1‑148 (MQ=255) aaaaaaTTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCggc > 2:874758/1‑148 (MQ=255) aaaaTTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTc < 2:2048686/150‑1 (MQ=255) aaaaTTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTc < 2:1236814/150‑1 (MQ=255) aaaTTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCa < 2:1172999/150‑1 (MQ=255) aattttGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCaa < 2:3433720/147‑1 (MQ=255) ttttGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCaaaa > 2:4261984/2‑150 (MQ=255) || TAAGGTTTATATATTAAATATTGGACTTATCGATAATACACCGACAGGTCAACTTATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAACTTTGCTAAAATCCATGATCCGAACTTTAAAGAAGGACGTCCTCAGAAATTTACTGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAATTAAAGCAGCAAGGTATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGACTCAAAAA > CP043523/1867779‑1868058 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |