| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP043523 | 1,848,162 | 1 bp→CA | intergenic (+147/‑130) | FTN78_chr1897 → / → FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family/Cold shock protein of CSP family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,848,161 | 1 | . | C | 93.4% | 630.4 / 60.4 | 242 | intergenic (+146/‑131) | FTN78_chr1897/FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family/Cold shock protein of CSP family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/9); new base C (139/87); total (146/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
| * | CP043523 | 1,848,162 | 0 | G | A | 93.4% | 594.9 / 24.0 | 242 | intergenic (+147/‑130) | FTN78_chr1897/FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family/Cold shock protein of CSP family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (139/87); minor base C (7/9); total (146/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
TAAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCATTACGATATGGATTTTATTAAT‑G‑GAGAGTAGTTTGACATTGACTATAATTAGTGTTATTATGAAGAAGTAAATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATGAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATATTATGGCAAATGGAACAGTAA > CP043523/1848022‑1848310 ||| tAAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGagtag < 1:118900/150‑1 (MQ=255) aaaGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGagtagt < 1:1206315/150‑1 (MQ=255) aaGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGtt < 1:2764243/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |