| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP043523 | = 1861545 | 4307 (8.100) | 275 (0.520) | 105/294 | 14.5 | 10.7% | coding (355/681 nt) | FTN78_chr1909 | Mobile element protein |
| ? | CP043523 | 1882699 = | 265 (0.500) | intergenic (+410/‑145) | FTN78_chr1926/FTN78_chr1927 | hypothetical protein/3‑ketoacyl‑CoA thiolase, Acetyl‑CoA acetyltransferase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 4942 total aligned reads displayed.
GTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAACGTCCCTTAATTTTGATATAGGTTTCGTCCATTTTCCATGAATAGAA > CP043523/1861398‑1861692 | ccataataaacctttccacgatttctcttaactttgtgtctagtttattataacctttccaacgatttctcttaactttgtgtctagtttattataacctttcCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTaa > 1:1626069‑M1/104‑148 (MQ=255) tAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTACCAGTCACAATTGCTTTCGGCTCCCCAAACTGTTTATGGAGTC‑gcaagaac > 2:1334806/1‑141 (MQ=39) aaacgattAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGGATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGACGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGa > 1:3742963/7‑148 (MQ=255) aaTTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGaa > 2:4280431/1‑148 (MQ=255) aaTTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGGATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAAGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGaa > 1:2100303/1‑148 (MQ=255) cctttccacgatttctcttaactttgtgtctagtttattataacctttccaacgatttctcttaactttgtgtctagtttattataacctttcCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAg > 1:851015‑M1/94‑148 (MQ=255) aTACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTACTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑GTTTTTAAGAAAGCATAGgc > 2:346073/1‑148 (MQ=255) aCTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTACTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑GTTTTTAAGAAAGCATAGgctg < 2:2307753/148‑1 (MQ=255) cTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGgctgct > 1:2294438/1‑148 (MQ=255) ttCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCtt > 1:100113/1‑148 (MQ=255) ttCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCtt < 1:3299634/148‑1 (MQ=255) ttCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCtt < 1:961406/148‑1 (MQ=255) ttCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGGATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGACGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGTATAGGCTGCtt < 2:3781200/148‑1 (MQ=255) tCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGGATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGACGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGTATAGGCTGCTTg < 2:2797123/148‑1 (MQ=255) atttctcttaactttgtgtctagtttattataacctttccaacgatttctcttaactttgtgtctagtttattataacctttcCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCg < 2:4526337‑M1/65‑1 (MQ=255) acaGTTCGGTGCTCTGTCTTAGGATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAAGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCg > 1:1265264/1‑148 (MQ=255) aGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTACTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑GTTTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGt > 1:3398163/1‑148 (MQ=255) ttCGGTGATCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGCGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTCTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGtctc > 2:2887269/1‑148 (MQ=255) ctcttaactttgtgtctagtttattataacctttccaacgatttctcttaactttgtgtctagtttattataacctttcCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATc > 1:486768‑M1/80‑148 (MQ=255) gCTCTGTCTTAGGATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAAGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAGGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGttt < 2:4637880/148‑1 (MQ=255) ctctGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGtttc > 1:1797166/1‑148 (MQ=255) ctctGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTACCAGTCACAATTGCTTTCGGCTCCCCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑‑‑‑CAAGAACGCATAAGCAGCTTGAGTATCCCGtttcttg < 2:2404612/148‑2 (MQ=255) tctGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTCTCCCGtttct < 2:3388482/148‑1 (MQ=255) tctGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGtttct < 1:3547298/148‑1 (MQ=255) tAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGGGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTCAAGAACGCATAAGCAGCTTGAGTATCCCGTTTCTTGCGTag < 2:3632933/148‑2 (MQ=11) tAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTCTCCCGTTTCTTTCGTaa > 1:4554515/1‑148 (MQ=255) tAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTaa < 1:4191990/148‑1 (MQ=255) tatataAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTACTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑GTTTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAAcc < 2:3142595/148‑1 (MQ=255) tttattataacctttccaacgatttctcttaactttgtgtctagtttattataacctttcCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAg > 1:1455208‑M1/61‑148 (MQ=255) aaaCCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTCTCCCGTTTCTTTCGTAACCAGatat < 2:2564657/148‑1 (MQ=255) aaaCCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTACTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑GTTTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGata > 1:3237273/1‑148 (MQ=255) aaCCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGACGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGTATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATc < 2:1766669/148‑1 (MQ=255) aCCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCt > 2:186665/1‑148 (MQ=255) aCCCACACTCTGTAACTTGCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAGAGCATAGGCTGCTTGCGGCTCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCt < 2:2105453/148‑1 (MQ=255) ccACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTACTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑GTTTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTa > 1:2972006/1‑148 (MQ=255) cacaCTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTCTCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAg > 1:574404/1‑148 (MQ=255) aaCTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTCTCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGt < 2:3069100/148‑1 (MQ=255) aaCTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAAGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGt > 1:3990253/1‑148 (MQ=255) 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aagacGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGTATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCaa > 1:2815393/5‑148 (MQ=255) aaGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTCTCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCaa < 1:1545405/148‑1 (MQ=255) aaGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCaa < 2:4020220/148‑1 (MQ=255) aaGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTACCAGTCACAATTGCTTTCGGCTCCCCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑‑‑‑CAAGAACGCATAAGCAGCTTGAGTATCCCGTTTCTTGCGTAGCCAGATGTCTAAAGTCAATCCATCCGCATCAATTg > 2:704666/1‑148 (MQ=16) aaGGCGGAGCCAAGAGAAAGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCaa > 2:2207201/1‑148 (MQ=255) 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gTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTCTCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAACGTCCCTTAATTTTGATATAGGTTTCGTCCATTTTCCATGAATa < 1:3651809/148‑1 (MQ=255) tC‑G‑TTTTAAGAAAGTATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAACGTCCCTTAATTTTGATATAGGTTTCGTCCATTTTCCATGAATAg > 2:3223389/1‑148 (MQ=255) | GTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTCTGTCTTAGTATATAAACCCACACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAAGGTGCTTTATCGGTCACAATTGCTTTCGGCTCACCAAACTGTTTATGGAGTC‑G‑TTTTAAGAAAGCATAGGCTGCTTGCGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAGGTTAAGCCGTCCGCATCAATTGCACGATAAAGATAATGCCAACGTCCCTTAATTTTGATATAGGTTTCGTCCATTTTCCATGAATAGAA > CP043523/1861398‑1861692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |