Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP043523 | 248,615 | 0 | T | C | 58.5% | 776.2 / inf | 941 | intergenic (‑191/‑349) | FTN78_chr0306/FTN78_chr0307 | Mobile element protein/Type I restriction‑modification system, restriction subunit R |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (201/189); new base C (294/256); total (495/446) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 949 total aligned reads displayed.
ATACTCGGTAAGAGGGCATTACAACGGCGGACAAAGCGAGAATATTCTAGGAAATTAGGAAATAAACTTTGAGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCAGAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTCAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGCTTTCTAATGC > CP043523/248468‑248762 | tgcTCGGTAAGAGGGCATTACAACGGCGGACAAAGCGAGAATATTCTAGGAAAGTAGGAAATAAACTTTGAGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATc < 2:4702792/146‑1 (MQ=255) cTCGGTAAGAGGGCATTACAACGGCGGACAAAGCGAGAATATTCTAGGAAATTAGGAAATAAACTTTGAGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCAGAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAACCTg < 1:797343/148‑1 (MQ=255) cTCGGTAAGAGGGCATTACAACGGCGGACAAAGCGAGAATATTCTAGGAAAGTAGGAAATAAACTTTGAGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTg < 2:3959482/148‑1 (MQ=16) cTCGGTAAGAGGGCATTACAACGGCGGACAAAGCGAGAATATTCTAGGAAAGTAGGAAATAAACTTTGAGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTg < 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aTCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTCAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGAGCTTTCTAATg > 1:262624/1‑148 (MQ=17) | ATACTCGGTAAGAGGGCATTACAACGGCGGACAAAGCGAGAATATTCTAGGAAATTAGGAAATAAACTTTGAGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCAGAGGTAACAAGCGATAACTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTCAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGCTTTCTAATGC > CP043523/248468‑248762 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |