Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP043523 | 1,862,066 | 0 | G | A | 64.9% | 9.9 / 32.1 | 37 | L38L (CTC→CTT) | FTN78_chr1910 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/8); new base A (15/9); total (20/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAGCTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGCTTTCTAATGCTTAGTGGTTTA > CP043523/1861979‑1862213 | aGCGAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTGTCGCTAAACTGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATACCTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTGTTTCGGGTTTGGGCCTCACGGGAAACACTCGTTTGATAAAGCGGCTCa < 2:4035912/148‑1 (MQ=11) cTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAGCTAAACAGTCAGATGTTGCAAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGt < 2:1430029/148‑1 (MQ=11) acagtcagATGTTGCAAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGAGCTTTCTa < 2:3397696/141‑1 (MQ=0) acagtcagATGTTGCAAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGAGCTTTCTa > 2:4256173/8‑148 (MQ=1) tagtcagATGTTGCAAGGTTGACGTTCTATCTGTTTTGAGCCTCAAGGGGAACACTGGTTTGATACAGCGCCTCAGTCGTTGGAAGTAAATAAACAAACACTGTTGGAAGTGTGATCTTATAAGTCATATAAGTCGTGAGCTTTCTaa < 2:1869538/142‑1 (MQ=0) cagtcagATGTTGCAAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGAGCTTTCTaa < 2:3086858/142‑1 (MQ=0) agtcagATGTTGCAAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAATCGCTTCAATGCTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGTAAGCGTGCTATTATAAGTCATATAGGTCGTGCGCTTTCTAAt < 2:4417815/143‑1 (MQ=1) agtcagATGTTGCAAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGAGCTTTCTAAt > 1:1193596/6‑148 (MQ=0) agtcagATGTTGCAAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGAGCTTTCTAAt < 1:3587124/143‑1 (MQ=0) 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tcagATGTTGCAAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGAGCTTTCTAATGc > 2:4399210/4‑148 (MQ=0) tcagATGTTGCAAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGAGCTTTCTAATGc > 1:303219/4‑148 (MQ=0) tcagATGTTGCAAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGAGCTTTCTAATGc > 1:1308232/4‑148 (MQ=0) tcagATGTTGCAAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGAGCTTTCTAATGc > 1:3853941/4‑148 (MQ=0) tcagATGTTGCAAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGAGCTTTCTAATGc > 2:839363/4‑148 (MQ=0) 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gCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGTGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGTTTTCTAATGCTTAGTGGtt < 2:1103101/148‑1 (MQ=9) gCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGTGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGTTTTCTAATGCTTAGTGGtt < 2:493745/148‑1 (MQ=9) gCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGTGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGTTTTCTAATGCTTAGTGGtt > 1:2445064/1‑148 (MQ=14) gCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGTGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGTTTTCTAATGCTTAGTGGtt > 1:1913173/1‑148 (MQ=14) cGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACCCTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGGAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGCTTTCTAATGCTTAGTGGttt < 1:1856558/148‑1 (MQ=12) cGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACCCTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGGAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGCTTTCTAATGCTTAGTGGttt > 1:1624316/1‑148 (MQ=17) cGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACCCTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGGAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGCTTTCTAATGCTTAGTGGttt > 1:1620709/1‑148 (MQ=12) cGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGTGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGTTTTCTAATGCTTAGTGGttt < 2:1459797/148‑1 (MQ=12) gagaTGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACCCTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGGAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGCTTTCTAATGCTTAGTGGTTTa < 1:769080/148‑1 (MQ=17) gagaTGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACCCTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGGAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGCTTTCTAATGCTTAGTGGTTTa < 1:3677918/148‑1 (MQ=12) gagaTGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACCCTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGGAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGCTTTCTAATGCTTAGTGGTTTa < 2:956073/148‑1 (MQ=12) gagaTGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGTGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGTTTTCTAATGCTTAGTGGTTTa < 1:3447692/148‑1 (MQ=12) gagaTGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGTGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGTTTTCTAATGCTTAGTGGTTTa < 1:2667115/148‑1 (MQ=12) gagaTAGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACCCTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGGAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGAGCTTTCTAATGCTTAGTGCTTTa < 2:3633234/148‑1 (MQ=11) | AGCAAGTTGGTGCTTAGCTTTAAGCGTTTCACTAAAATGCAGTACGCCCCATAGGTAACAAGCGATAGCTAAGCAATCTGATGTTGCGAGATGGACGTTCTTTCGGTTTTGAACCTCAAGGGGAACACTCGTTTGATAAAGCGTCTCAATGGTTGTCAGTAAATAAACAAAAACTTTTGGAAGTGTGCTATTATAAGTCATATAAGTCGTGCGCTTTCTAATGCTTAGTGGTTTA > CP043523/1861979‑1862213 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |