| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,895,400 | 0 | A | C | 68.5% | 298.5 / inf | 416 | S174R (AGT→CGT) | FTN78_chr1944 | Mobile element protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/73); new base C (114/171); total (172/244) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 418 total aligned reads displayed.
GCTACAAAGGGACAGTACTTCTATGGATTTAAATGTCATGCTTTAGTCAGTGAATCAGGCTATGTCATAGACTACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGCAAAAGA > CP043523/1895298‑1895547 | gcgaCAAAGGGACAGTACTTCTATGGATGTACATGTCATGCTTTCGTCAATGAATCAGGATATGTCGTAGACTACACGATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATAGTTCAGTGTGCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAg < 2:3975580/145‑1 (MQ=1) caaaggtcAGTACTTTTATGGCTGTAAATGTCATGCTTTAGTCAGTGAATCAGGCTATGTCATCGACTACGTGATTAGTCCTGCTTCAATAGCTGACAGTATAATGGCCGAGGAAGTATTGTCTCAATTTGGCACACCCATAGTCCtt < 1:2674700/141‑1 (MQ=0) aggtcAGTACTTTTATGGCTGTAAATGTCATGCTTTAGTCAGTGAATCAGGCTATGTCATCGACTACGTGATTAGTCCTGCTTCAATAGCTGACAGTATAATGGCCGAGGAAGTATTGTCTCAATTTGGCACACCCATAGTCCTTGga > 2:662182/5‑148 (MQ=0) ttttATGGCTGTAAATGTCATGCTTTAGTCAGTGAATCAGGCTATGTCATCGACTACGTGATTAGTCCTGCTTCAATAGCTGACAGTATAATGGCCGAGGAAGTATTGTCTCAATTTGGCACACCCATAGTCCTTGGAGATATgggct < 2:2920956/145‑3 (MQ=0) ggctgtAAATGTCATGCTTTAGTCAGTGAATCAGGCTATGTCATAGACTACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAg > 1:2448980/6‑148 (MQ=0) ggctgtAAATGTCATGCTTTAGTCAGTGAATCAGGCTATGTCATAGACTACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAg < 2:4133921/143‑1 (MQ=0) atgtAAATGTCATTCTTTAGTCAGTGAATCAGGCTATGTCATAGACTACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGgt > 1:2284183/4‑148 (MQ=0) atgtAAATGTCATGCTTTAGTCAGTGAATCAGGCTATGTCATAGACTACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGgt < 2:157170/145‑1 (MQ=1) atgtAAATGTCATGCTTTAGTCAATGAATCAGGCTATGTCATAGACTACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGgt > 1:2139648/4‑148 (MQ=0) atgtAAATGTCATGCTTCAGTCAGTGAATCAGGCTATGTCATAGACTACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGgt > 1:2103081/4‑148 (MQ=1) atgtAAATGTCATGCTTCAGTCAGTGAATCAGGCTATGTCATAGACTACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGgt > 1:671028/4‑148 (MQ=1) cTACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATg > 1:409216/1‑148 (MQ=2) cTACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATg > 2:4421469/1‑148 (MQ=11) cTACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATg < 2:753994/148‑1 (MQ=2) tACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGa < 2:3429749/148‑1 (MQ=9) tACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGa > 1:2565214/1‑148 (MQ=9) tACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGa > 1:1519108/1‑148 (MQ=14) acacAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGac < 2:549948/148‑1 (MQ=12) acacAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGac < 2:1082099/148‑1 (MQ=12) cacaATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGaca > 2:4655502/1‑148 (MQ=12) cacaATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGaca < 1:2523767/148‑1 (MQ=12) acaATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGacac < 2:1768332/148‑1 (MQ=12) acaATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGacac > 2:4200744/1‑148 (MQ=17) acaATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGacac < 2:2499489/148‑1 (MQ=12) acaATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGacac < 2:3298490/148‑1 (MQ=17) caATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACAcc < 2:104388/148‑1 (MQ=12) caATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACAcc < 1:3339055/148‑1 (MQ=12) caATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACAcc < 2:2390465/148‑1 (MQ=12) caATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACAcc < 1:2853931/148‑1 (MQ=12) caATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACAcc < 1:1391230/148‑1 (MQ=12) aTTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTg < 2:3643408/148‑1 (MQ=17) aTTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTg < 2:2548606/148‑1 (MQ=12) aTTACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTg > 1:4367364/1‑148 (MQ=12) ttACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGt > 2:1498474/1‑148 (MQ=12) ttACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGt < 2:3872722/148‑1 (MQ=17) ttACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGt > 1:1824380/1‑148 (MQ=12) ttACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGt > 2:1822706/1‑148 (MQ=12) ttACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGt < 1:1763206/148‑1 (MQ=12) ttACCCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGt < 1:2162302/148‑1 (MQ=12) tACTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTCGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTc > 2:3021351/1‑148 (MQ=255) tACTCCTGCTTCAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTc < 1:1790252/148‑1 (MQ=17) aCTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCa > 2:856729/1‑148 (MQ=12) cTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAg < 1:4333911/148‑1 (MQ=17) cTCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAg > 1:3051130/1‑148 (MQ=17) tCCTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAAATAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAgg < 1:4238749/148‑1 (MQ=255) tCCTGCTTCAATGGCTGAGCGGTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAgg < 2:3791159/148‑1 (MQ=255) ccTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGga > 2:3404121/1‑148 (MQ=12) ccTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGga < 2:1092082/148‑1 (MQ=12) cTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaa < 2:2041487/148‑1 (MQ=12) cTGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaa > 1:19037/1‑148 (MQ=12) tGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaag < 1:4050690/148‑1 (MQ=12) tGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaag > 2:1761677/1‑148 (MQ=12) tGCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaag > 1:2990370/1‑148 (MQ=12) gCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGTATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaaga < 2:2346323/148‑1 (MQ=255) gCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaaga < 1:1055717/148‑1 (MQ=12) gCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaaga > 1:453169/1‑148 (MQ=17) gCTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaaga < 1:4630376/148‑1 (MQ=12) gCTTCAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaaga < 2:1906825/148‑1 (MQ=17) cTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaagaa < 1:2382176/148‑1 (MQ=12) cTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaagaa < 1:2895631/148‑1 (MQ=12) cTTCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaagaa > 2:4613078/1‑148 (MQ=12) cTTCAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGgaagaa < 1:3120295/148‑1 (MQ=17) ttCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAAc < 1:764837/148‑1 (MQ=12) ttCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAAc > 2:2212538/1‑148 (MQ=12) ttCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAAc > 2:4498102/1‑148 (MQ=12) ttCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAAc < 1:223541/148‑1 (MQ=17) ttCAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAAc < 1:3669837/148‑1 (MQ=32) tCAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACa < 1:809079/148‑1 (MQ=12) cAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACAt > 2:2779994/1‑148 (MQ=12) cAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACAt < 2:2821424/148‑1 (MQ=17) cAATGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGCAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATACGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCAGTCAGGAAGAatat > 2:1347538/1‑148 (MQ=11) cAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACAt > 2:488976/1‑148 (MQ=17) cAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACAt < 1:1924059/148‑1 (MQ=17) aaTGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACATCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATg < 1:885092/148‑1 (MQ=12) aaTGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATg < 2:2288657/148‑1 (MQ=17) aaTGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATg < 2:3155468/148‑1 (MQ=12) aaTGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATg > 2:3540239/1‑148 (MQ=12) aTGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGa < 1:3525366/148‑1 (MQ=17) aTGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGa < 1:3240171/148‑1 (MQ=17) tGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGaa < 2:2445751/148‑1 (MQ=12) tGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGaa < 1:3814709/148‑1 (MQ=12) tGGCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGaa < 1:3718195/148‑1 (MQ=12) tGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGaa < 2:2720190/148‑1 (MQ=17) tGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGaa > 1:486920/1‑148 (MQ=17) ggCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAg < 2:3114034/148‑1 (MQ=12) ggCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAg < 1:3429383/148‑1 (MQ=17) gCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGc < 1:1021456/148‑1 (MQ=12) gCTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGc > 1:2960586/1‑148 (MQ=12) cTGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGCa < 1:4439740/148‑1 (MQ=17) cTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGCa > 1:935784/1‑148 (MQ=17) tGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAGCAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGcga < 1:2773837/148‑3 (MQ=255) tGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGCaa < 1:3894040/148‑1 (MQ=12) tGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGCaa < 1:565266/148‑1 (MQ=12) tGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGCaa < 1:1683965/148‑1 (MQ=12) tGATCGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGCaa > 1:1205938/1‑148 (MQ=12) tGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGCTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATCTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGCaa < 1:4276014/148‑1 (MQ=12) gATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGCaaa > 2:1217884/1‑148 (MQ=17) aTAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGCaaaa < 1:4392007/148‑1 (MQ=17) aTAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGCaaaa < 1:987175/148‑1 (MQ=17) aGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCTATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGCAAAAGa > 1:1297932/1‑148 (MQ=17) | GCTACAAAGGGACAGTACTTCTATGGATTTAAATGTCATGCTTTAGTCAGTGAATCAGGCTATGTCATAGACTACACAATTACTCCTGCTTCAATGGCTGATAGTTCAATGACCGAGGAAGTGTTGAGTCAATTTGGGACACCAACAGTCCTTGGAGATATGGGATATTTAGGTCAGTCACTGCATGATAGGCTGGAATTAAAAGGAATTGATCTAATGACACCTGTCAGGAAGAACATGAAGCAAAAGA > CP043523/1895298‑1895547 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |