Predicted mutation | ||||||
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RA | CP043523 | 1,884,741 | T→G | V141V (GTT→GTG) | FTN78_chr1930 → | Putative UV‑damage repair protein UvrX |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP043523 | 1,884,741 | 0 | T | G | 99.5% | 677.5 / ‑4.7 | 210 | V141V (GTT→GTG) | FTN78_chr1930 | Putative UV‑damage repair protein UvrX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (101/108); total (102/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
CGCAATGGTATCGAACACATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTCATTGAATCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCACAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATAGAAGTTACGGATATTCTAACCAATTATACATCAATTGATGAAATTCATTCTTACTCGATTGATGAGTCGTTTCTTGACGTAACAGAATCACTCAATTTCTTTTATCCTGAGATTAAAAATCGTTATGA > CP043523/1884596‑1884863 | cGCAATGGTATCGAACACATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGAc > 2:4619094/1‑148 (MQ=21) cAATGGTATCGAACACATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGAcag > 2:3876448/1‑146 (MQ=21) aaCACATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGAcc > 2:2963152/1‑148 (MQ=255) aaCACATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGAcc < 1:149450/148‑1 (MQ=255) acacATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCa < 2:4167550/148‑1 (MQ=25) cacaTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCaa < 1:2521774/148‑1 (MQ=25) cacaTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCaa < 2:325200/148‑1 (MQ=25) cacaTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCaa > 1:203332/1‑148 (MQ=25) acaTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCGAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAAt < 2:2655712/148‑1 (MQ=255) acaTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATATTCACCAAt > 1:3006814/1‑148 (MQ=21) caTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAAtt < 2:4364444/148‑1 (MQ=255) caTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAAtt > 2:2529486/1‑148 (MQ=255) aTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATta < 2:1368591/148‑1 (MQ=21) tACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATtat < 1:1769617/148‑1 (MQ=25) aCAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATtata > 1:1552001/1‑148 (MQ=21) aCAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATtata > 1:2303522/1‑148 (MQ=25) aCAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATtata < 1:4503356/148‑1 (MQ=255) cAGACATTCATGGACAGCGACCTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATAc < 2:3934946/148‑1 (MQ=255) cAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATAc < 2:4644469/148‑1 (MQ=255) 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ctcctcAAATTCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGAt < 1:3744888/148‑1 (MQ=255) ctcctcAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGAt < 1:2470668/148‑1 (MQ=255) ctcaAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTaa < 1:3612927/146‑1 (MQ=255) ctcaAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTaa < 2:2454851/146‑1 (MQ=255) tcaAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTaaa > 2:2356182/2‑148 (MQ=255) tcaAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTaaa > 1:865585/2‑148 (MQ=255) tcaAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTaaa > 1:864795/2‑148 (MQ=255) caAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTaaaa > 1:144510/1‑148 (MQ=255) caAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTaaaa > 1:2116565/1‑148 (MQ=255) aaTGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTTGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAAt > 2:4088565/1‑148 (MQ=255) aaTGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAAt > 1:557343/1‑148 (MQ=255) aTGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATc > 2:655588/1‑148 (MQ=255) aTGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATc < 1:2910449/148‑1 (MQ=255) aGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCgata > 1:4429197/1‑145 (MQ=255) aGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATa < 1:3317457/148‑1 (MQ=255) gCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGatat < 1:147612/148‑1 (MQ=255) gCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGatat < 2:3574404/148‑1 (MQ=255) gCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGatat > 2:3339149/1‑148 (MQ=255) ctctATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATATg < 1:2572794/148‑1 (MQ=255) ctctATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATATg > 2:1883409/1‑148 (MQ=255) tctATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATATGa > 1:2984429/1‑148 (MQ=255) | CGCAATGGTATCGAACACATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTCATTGAATCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCACAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATAGAAGTTACGGATATTCTAACCAATTATACATCAATTGATGAAATTCATTCTTACTCGATTGATGAGTCGTTTCTTGACGTAACAGAATCACTCAATTTCTTTTATCCTGAGATTAAAAATCGTTATGA > CP043523/1884596‑1884863 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |