| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP043523 | 1,848,385 | G→T | A32S (GCA→TCA) | FTN78_chr1898 → | Cold shock protein of CSP family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP043523 | 1,848,385 | 0 | G | T | 99.0% | 444.3 / ‑1.6 | 195 | A32S (GCA→TCA) | FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base T (106/87); total (106/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ACGCAGATAAAGGATTTGGCTTTATCACTTCAGAAGAAGGCAAAGATTTGTTCGCTCACTTCTCAGCAATCCAATCTGATGGATTCAAAACACTTGATGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCAAGCAGTTAATATCACAAAAGCATAATTGTATCTGAAAATCGTGCAAAAGCTGGAGTCATGA > CP043523/1848320‑1848528 | acgctactAAAGGATTTGGTTTTATTACCTCTGAAGATGGTCAAGATTTGTTCGCTCACTTCTCATCAATCCAATCTGATGGATTCAAATCACTTGACGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCa > 1:1088158/8‑148 (MQ=11)acgctactAAAGGATTTGGTTTTATTACCTCTGAAGATGGTCAAGATTTGTTCGCTCACTTCTCATCAATCCAATCTGATGGATTCAAATCACTTGACGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCa < 1:4323242/141‑1 (MQ=11)acgctactAAAGGATTTGGTTTTATTACCTCTGAAGATGGTCAAGATTTGTTCGCTCACTTCTCATCAATCCAATCTGATGGATTCAAATCACTTGACGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCa > 2:4148062/8‑148 (MQ=11) cgctactAAAGGATTTGGTTTTATTACCTCTGAAGATGGTCAAGATTTGTTCGCTCACTTCTCATCAATCCAATCTGATGGATTCAAATCACTTGACGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCaa > 2:3335242/7‑148 (MQ=11) 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ctcATCAATCCAATCTGATGGATTCAAATCACTTGACGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCAAGCAGTTAATATCACAAAAGCATAATTGTATCTGAAAATCGTGCAAAAACTGGAGTCATGa < 1:2197933/148‑1 (MQ=17) | ACGCAGATAAAGGATTTGGCTTTATCACTTCAGAAGAAGGCAAAGATTTGTTCGCTCACTTCTCAGCAATCCAATCTGATGGATTCAAAACACTTGATGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCAAGCAGTTAATATCACAAAAGCATAATTGTATCTGAAAATCGTGCAAAAGCTGGAGTCATGA > CP043523/1848320‑1848528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |