| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP043523 | 2,214,930 | G→A | intergenic (+45/+35) | FTN78_chr2287 → / ← FTN78_chr2288 | Mobile element protein/Transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 2,214,930 | 0 | G | A | 99.8% | 1526.9 / ‑4.6 | 449 | intergenic (+45/+35) | FTN78_chr2287/FTN78_chr2288 | Mobile element protein/Transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (238/210); minor base T (0/1); total (238/211) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 534 total aligned reads displayed.
AAGAAATATTTAAATACATTGAGACCTATTACAATACAAAAAGGATGCATTCAGGTCTTGATTACAAGTCTCCAAAAGACTTTGAAAAATATAATTCTTAAATTCTCTTAACTCCGTGTCTAGTTTTTCGTTGACTTTCCAC‑‑GTTGACTTTCCAAAAAAGTCTAACTTTTGGGGTGCACATCATTTTTGGTATTTATGAACGGTTTGTTCAGAAACTTCCCTTGAGGTAAAAATTAATGCTTCAAATGCTTTTTTACGGAGTTGTTCTAAGTATTTAATTTCTAGATTTT > CP043523/2214785‑2215074 | aaGAAATATTTAAATACATTGAGACCTATTACAATACAAAAAGGATGCATTCAGGTCTTGATTACAAGTCTCCAAAAGACTTTGAAAAATATAATTCTTAAATTCTCTTAACTCCGTGTCTAGTTTTTcgttgactttccac‑‑gttaac < 2:3425229/148‑1 (MQ=17)aaGAAATATTTAAATACATTGAGACCTATTACAATACAAAAAGGATGCATTCAGGTCTTGATTACAAGTCTCCAAAAGAATTTGAAAAATATAATTCTTAAATTCTATTAACTCCGTGTCTAGTTTTTcgttgactttccac‑‑gttaac < 2:2431109/148‑1 (MQ=12) gAAATATTTAAATACATTGAGACCTATTACAATACAAAAAGGATGCATTCAGGTCTTGATTACAAGTCTCCAAAAGACTTTGAAAAATATAATTCTTAAATTCTCTTAACTCCGTGTCTAGTTTTTcgttgactttccac‑‑gttaactt < 2:152884/148‑1 (MQ=18) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |