| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP043523 | 1,848,516 | G→A | intergenic (+24/+720) | FTN78_chr1898 → / ← FTN78_chr1899 | Cold shock protein of CSP family/Type I restriction‑modification system, restriction subunit R |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,848,516 | 0 | G | A | 99.8% | 1904.9 / NA | 595 | intergenic (+24/+720) | FTN78_chr1898/FTN78_chr1899 | Cold shock protein of CSP family/Type I restriction‑modification system, restriction subunit R |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (254/340); total (254/341) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 595 total aligned reads displayed.
TCGCTCACTTCTCAGCAATCCAATCTGATGGATTCAAAACACTTGATGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCAAGCAGTTAATATCACAAAAGCATAATTGTATCTGAAAATCGTGCAAAAGCTGGAGTCATGACTTCAGTTTTTTTATATTCAGTTGCAATGATGAGAGAGTATGATATACTTAGCCAGCAAGAGGAAACTCACACTTCCCATGCATAAATTAGGGCCACTCTAATATAGAGTGGTTTTTTTAATGTTTATTAA > CP043523/1848371‑1848659 | tCGCTCACTTCTCATCAATCCAATCTGATGGATTCAAATCACTTGACGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCAAGCAGTTAATATCACAAAAGCATAATTGTATCTGAAAATCGTGCAAAAACt < 1:2240163/148‑1 (MQ=255) cTCACTTCTCATCAATCCAATCTGATGGATTCAAATCACTTGACGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCAAGCAGTTAATATCACAAAAGCATAATTGTATCTGAAAATCGTGCAAAAACTGGa > 1:1016397/1‑148 (MQ=14) cTCACTTCTCATCAATCCAATCTGATGGATTCAAATCACTTGACGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCAAGCAGTTAATATCACAAAAGCATAATTGTATCTGAAAATCGTGCAAAAACTGGa > 1:2346132/1‑148 (MQ=14) cTCACTTCTCATCAATCCAATCTGATGGATTCAAATCACTTGACGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCAAGCAGTTAATATCACAAAAGCATAATTGTATCTGAAAATCGTGCAAAAACTGGa < 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tGCAAAAACTGGAGTCATGACTTCAGTTTTTTTATATTCAGTTGCAATTATGAGAGAGTATGATATACTTAGCCAGCAAGAGGAAACTCACACTTCCCATTCATAAATTAGGGGCACTTTAATATAGAGTGGTTTTTTTAATGTttat < 1:4032147/148‑1 (MQ=38) | TCGCTCACTTCTCAGCAATCCAATCTGATGGATTCAAAACACTTGATGAAGGTCAAAAAGTTGAATTTGATGTTGAAGAAGGTCAACGTGGACCTCAAGCAGTTAATATCACAAAAGCATAATTGTATCTGAAAATCGTGCAAAAGCTGGAGTCATGACTTCAGTTTTTTTATATTCAGTTGCAATGATGAGAGAGTATGATATACTTAGCCAGCAAGAGGAAACTCACACTTCCCATGCATAAATTAGGGCCACTCTAATATAGAGTGGTTTTTTTAATGTTTATTAA > CP043523/1848371‑1848659 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |