| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP043523 | 1,848,821 | T→G | intergenic (+329/+415) | FTN78_chr1898 → / ← FTN78_chr1899 | Cold shock protein of CSP family/Type I restriction‑modification system, restriction subunit R |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,848,821 | 0 | T | G | 99.8% | 1885.1 / NA | 519 | intergenic (+329/+415) | FTN78_chr1898/FTN78_chr1899 | Cold shock protein of CSP family/Type I restriction‑modification system, restriction subunit R |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (262/256); total (263/256) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 519 total aligned reads displayed.
GTTAATTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGG‑‑TAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCCCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTTGTGTTCCACTTTCTATCAATGTTTTAAGAAGCTTAACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAATAAATGCAAATGATTTTA > CP043523/1848715‑1848964 | atcgggtATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGt < 2:4128048/142‑1 (MQ=25)atcgggtATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGt < 2:75049/142‑1 (MQ=25) gggtATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCtt < 2:1157614/145‑1 (MQ=37) aTCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTAtt > 2:292916/1‑148 (MQ=37) tCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATtc > 2:238954/1‑148 (MQ=37) cAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATtcc > 1:2522145/1‑148 (MQ=38) cAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATtcc < 1:4700948/148‑1 (MQ=37) aaGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATtcct > 1:4008227/1‑148 (MQ=38) aGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATtcctc > 1:279972/1‑148 (MQ=38) tCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCa > 2:3806495/1‑148 (MQ=38) cATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCAt > 1:945035/1‑148 (MQ=255) cATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCAt > 1:3278234/1‑148 (MQ=255) aTGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCAtt < 2:3867570/148‑1 (MQ=255) tGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTg < 1:831537/148‑1 (MQ=255) tGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTg < 1:3565304/148‑1 (MQ=255) tGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTg > 1:1011682/1‑148 (MQ=255) cTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATa < 1:4472875/148‑1 (MQ=255) cTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATa > 2:396499/1‑148 (MQ=255) cTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGCTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATa > 1:1073336/1‑148 (MQ=255) tAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATAc > 2:1355292/1‑148 (MQ=255) tAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATAc > 1:1196696/1‑148 (MQ=255) aataatCAACTAGCAATTCGTGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTa < 2:4288363/148‑1 (MQ=255) aataatCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTa > 1:749589/1‑148 (MQ=255) ataatCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTAt > 1:2196856/1‑148 (MQ=255) taatCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTAtt < 2:4044765/148‑1 (MQ=255) aaattaaCTAGCAATTCGGG‑‑TATAATAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTAtt > 1:4617358/6‑148 (MQ=255) atCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGt > 1:3932073/1‑148 (MQ=255) tCAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTa < 1:261597/148‑1 (MQ=255) cAACTAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTAc > 2:3437773/1‑148 (MQ=255) tAGCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATa > 1:415368/1‑148 (MQ=255) gCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAAc < 2:3707830/148‑1 (MQ=255) gCAATTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAAc > 1:3164909/1‑148 (MQ=255) aaTTCGGGTTTAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACtt < 2:3545539/148‑1 (MQ=255) tcgggtttAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGaa > 2:3331310/8‑148 (MQ=255) tcgggtttAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGaa > 1:1435626/8‑148 (MQ=255) cggggctAT‑‑TAATATATCGATAACTTGTTGTTCTAGAACCTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGCTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTCTACGTCTTTACTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTCaaa > 2:4627115/7‑148 (MQ=255) gggtttAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAg > 2:2026906/6‑148 (MQ=255) gggtttAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAg > 2:1947620/6‑148 (MQ=255) ggtttAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGc > 2:4706089/5‑148 (MQ=255) tttAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCAc > 1:1506616/3‑148 (MQ=255) tttAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCAc > 1:304480/3‑148 (MQ=255) ttAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACt < 1:4395642/147‑1 (MQ=255) tAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACtt < 1:273220/148‑1 (MQ=255) aT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTta < 2:2475305/148‑1 (MQ=255) atatatCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTtatata > 2:2320786/1‑148 (MQ=255) atatatCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTtatata < 2:4525021/148‑1 (MQ=255) atatatCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTtatata > 1:3721092/1‑148 (MQ=255) tatatCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATaa < 2:1803907/148‑1 (MQ=255) atatCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATaaa < 1:1557027/148‑1 (MQ=255) tataAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAAc < 2:2223876/148‑1 (MQ=255) tataAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAAc > 2:537628/1‑148 (MQ=255) ataAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACa > 2:3002407/1‑148 (MQ=255) taAATTGTTGTTCTAGAATCTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACAt < 1:4572371/148‑1 (MQ=255) taAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACAt > 1:3534982/1‑148 (MQ=255) aaaTTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATa < 1:552737/148‑1 (MQ=255) aaaTTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATa > 1:4347114/1‑148 (MQ=255) aaaTTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATa < 2:1250549/148‑1 (MQ=255) aaaTTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATa > 2:803342/1‑148 (MQ=255) aTTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGa < 2:3583489/148‑1 (MQ=255) aTTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGa > 1:3621770/1‑148 (MQ=255) aTTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGa < 2:4165857/148‑1 (MQ=255) ttgttgTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGaa < 2:4463102/148‑1 (MQ=255) ttgttgTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGaa < 1:645607/148‑1 (MQ=255) ttgttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATaa > 1:1864097/1‑148 (MQ=255) ttgttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATaa > 2:2168911/1‑148 (MQ=255) tgttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAGGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATaaa < 1:1954178/148‑1 (MQ=255) tgttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATaaa > 1:2674964/1‑148 (MQ=255) gttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAAt > 2:3085944/1‑148 (MQ=255) ttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAACTGAACATAGAATAAAtt < 1:872818/148‑1 (MQ=255) ttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAAtt > 1:2143679/1‑148 (MQ=255) ttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAAtt > 1:1757487/1‑148 (MQ=255) ttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAAtt < 1:3459907/148‑1 (MQ=255) cTAGAACTTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTAc < 2:4566712/148‑1 (MQ=255) cTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTAc < 1:340169/148‑1 (MQ=255) aGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACgg > 2:261171/1‑148 (MQ=255) aGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACgg < 1:300295/148‑1 (MQ=255) aaCTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGtt > 1:424955/1‑148 (MQ=255) ctcctcAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTaa < 1:518600/148‑1 (MQ=255) ctcctcAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTaa < 1:2320810/148‑1 (MQ=255) ctcctcAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTaa > 1:2272298/1‑148 (MQ=255) ctcctcAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTaa < 2:2744571/148‑1 (MQ=255) tCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAAt > 2:1842097/1‑148 (MQ=255) cAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAAc < 1:1275418/148‑1 (MQ=255) aGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACaa > 2:1659266/1‑148 (MQ=255) gAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACaag > 1:1689097/1‑147 (MQ=255) aaTCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACaaga > 2:325691/1‑146 (MQ=255) tCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGaaa > 2:641066/1‑148 (MQ=255) tCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGaaa < 2:1514426/148‑1 (MQ=255) ccGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAAt < 2:3167452/148‑1 (MQ=255) gCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATgt < 2:1736731/148‑2 (MQ=255) aaTCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTaa < 2:1482168/148‑1 (MQ=255) aTCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTaaa < 2:3367962/148‑1 (MQ=255) cGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATg > 1:2928252/1‑148 (MQ=255) cGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATg < 2:2682995/148‑1 (MQ=255) gATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGa < 2:914883/148‑1 (MQ=255) ttAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGAtct > 2:1564930/1‑146 (MQ=255) ttAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGAtct > 2:1057696/1‑146 (MQ=255) tAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGAtctt > 1:1679381/1‑145 (MQ=255) tAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGAtctt > 1:12382/1‑145 (MQ=255) aaTTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGAtcttg < 2:3481959/148‑5 (MQ=255) | GTTAATTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGG‑‑TAT‑‑TAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCCCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTTGTGTTCCACTTTCTATCAATGTTTTAAGAAGCTTAACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAATAAATGCAAATGATTTTA > CP043523/1848715‑1848964 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |