| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP043523 | 1,848,856 | A→T | intergenic (+364/+380) | FTN78_chr1898 → / ← FTN78_chr1899 | Cold shock protein of CSP family/Type I restriction‑modification system, restriction subunit R |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,848,856 | 0 | A | T | 99.8% | 2027.4 / NA | 591 | intergenic (+364/+380) | FTN78_chr1898/FTN78_chr1899 | Cold shock protein of CSP family/Type I restriction‑modification system, restriction subunit R |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (299/291); total (300/291) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 591 total aligned reads displayed.
TTAATTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGG‑‑TATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCCCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTTGTGTTCCACTTTCTATCAATGTTTTAAGAAGCTTAACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAATAAATGCAAATGATTTTAATAATCTTAATAAGAAAAGAAGAGTGTTCAGAAAA > CP043523/1848716‑1848999 | tcgggtATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTc > 2:708081/6‑148 (MQ=25) cgggtATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCt > 1:3554883/5‑148 (MQ=37) cgggtATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCt < 2:2524203/144‑1 (MQ=37) gggtATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCtt < 2:1157614/145‑1 (MQ=37) gggtATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCtt < 2:2343081/145‑1 (MQ=37) tATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTAt < 1:125465/148‑1 (MQ=37) tATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTAt < 1:1454424/148‑1 (MQ=37) tATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTAt < 1:3257710/148‑1 (MQ=37) cAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATtcc > 2:546355/1‑148 (MQ=38) cAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATtcc > 2:2913215/1‑148 (MQ=37) tCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCa < 1:1889624/148‑1 (MQ=38) aTGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCAtt < 1:2660265/148‑1 (MQ=38) tGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTg > 1:1011682/1‑148 (MQ=255) tGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTg < 1:840052/148‑1 (MQ=255) gCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGAt > 1:4155446/1‑148 (MQ=255) cTAAATAATCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATa < 2:2635247/148‑1 (MQ=255) aataatCAACTAGCAATTCGTGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTa < 2:4288363/148‑1 (MQ=255) aataatCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTa > 1:1218630/1‑148 (MQ=255) taatCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTAtt < 2:4033040/148‑1 (MQ=255) atCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGt > 2:2716949/1‑148 (MQ=255) tCAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTa > 1:91366/1‑148 (MQ=255) cAACTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTAc > 2:3437773/1‑148 (MQ=255) cTAGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCAt < 1:2716949/148‑1 (MQ=255) aGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATaa > 2:761236/1‑148 (MQ=255) aGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATaa < 2:2435842/148‑1 (MQ=255) aGCAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATaa > 2:493912/1‑148 (MQ=255) cAATTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACt > 1:3477630/1‑148 (MQ=255) aaTTCGGGTTTATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACtt < 2:3545539/148‑1 (MQ=255) tcgggtttATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGaa > 2:3924799/8‑148 (MQ=255) tcgggtttATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGaa > 2:3860314/8‑148 (MQ=255) cggggctATTAATATATCGATAACTTGTTGTTCTAGAACCTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGCTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTCTACGTCTTTACTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTCaaa > 2:4627115/7‑148 (MQ=255) gggtttATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAg > 2:2026906/6‑148 (MQ=255) ttATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACt > 1:3864015/2‑148 (MQ=255) tAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTtata < 1:4290309/148‑1 (MQ=255) atatatCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTtatata < 2:4525021/148‑1 (MQ=255) atatatCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTtatata < 1:521440/148‑1 (MQ=255) acatatCTTTATATTGTTGTTCTAGACCCTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTtatata < 2:3109563/146‑1 (MQ=255) tatatCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATaa < 1:568495/148‑1 (MQ=255) tatatCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATaa > 1:4686661/1‑148 (MQ=255) cTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGaa < 2:1011682/148‑1 (MQ=255) tataAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAAc < 2:2223876/148‑1 (MQ=255) tataAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAAc < 2:4127496/148‑1 (MQ=255) tataAATTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAAc < 1:4581481/148‑1 (MQ=255) aaaTTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATa > 2:95940/1‑148 (MQ=255) aTTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGa < 2:4165857/148‑1 (MQ=255) aTTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGa > 1:2798370/1‑148 (MQ=255) aTTGTTGTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGa < 1:3936590/148‑1 (MQ=255) ttgttgTTCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGaa < 2:4463102/148‑1 (MQ=255) gttgttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATa < 1:2953102/148‑1 (MQ=255) ttgttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATaa > 2:2168911/1‑148 (MQ=255) tgttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATaaa < 1:1954938/148‑1 (MQ=255) tgttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATaaa < 2:3348171/148‑1 (MQ=255) ttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAAtt > 1:2143679/1‑148 (MQ=255) ttCTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAAtt > 1:1757487/1‑148 (MQ=255) tCTAGAAACTCCTCGAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTa < 1:1686388/148‑1 (MQ=255) cTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTAc > 1:2550152/1‑148 (MQ=255) cTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTAc < 1:3663276/148‑1 (MQ=255) cTAGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTAc < 2:4566606/148‑1 (MQ=255) aGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACgg > 2:3277678/1‑148 (MQ=255) aGAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACgg < 1:300819/148‑1 (MQ=255) gAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACggg < 1:4361336/148‑1 (MQ=255) gAAACTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACggg < 2:3721092/148‑1 (MQ=255) aCTCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTa > 1:696839/1‑148 (MQ=255) ctcctcAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTaa > 2:3606301/1‑148 (MQ=255) tcctcAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAAt > 1:1663492/5‑148 (MQ=255) tCCTCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAAt > 2:1842097/1‑148 (MQ=255) cAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAAc > 1:2222626/1‑148 (MQ=255) cAAGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTC‑TTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACa < 1:1109675/148‑1 (MQ=255) aGAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACaa > 2:1659266/1‑148 (MQ=255) gAATCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACaag < 1:361205/148‑2 (MQ=255) tCCGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGaaa < 2:1514426/148‑1 (MQ=255) ccGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAAt < 2:3167509/148‑1 (MQ=255) ccGCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAAt < 1:1810601/148‑1 (MQ=255) gCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATgt < 1:227773/148‑2 (MQ=255) gCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATgt > 2:1330990/1‑147 (MQ=255) gCAATCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATgt < 2:1736731/148‑2 (MQ=255) aaTCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTaa < 1:4451089/148‑1 (MQ=255) aaTCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTaa < 2:1482168/148‑1 (MQ=255) aaTCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTaa > 1:792645/1‑148 (MQ=255) aTCGATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTaaa > 2:1936076/1‑148 (MQ=255) gATTTAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGa > 2:3023489/1‑148 (MQ=255) tttAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGAtc < 1:3418526/148‑2 (MQ=255) ttAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGAtct > 2:1057696/1‑146 (MQ=255) ttAATTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGAtct > 2:1564930/1‑146 (MQ=255) aaTTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGAtcttg < 2:3481959/148‑5 (MQ=255) aaTTGGTGTTCCACTTTCTACCAATGTCTTAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGAtcttg < 1:1522648/148‑5 (MQ=255) tgtcttAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGATCTTGAGAGTTTTTATAACAAAAGAagag > 1:238503/5‑148 (MQ=255) tgtcttAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGATCTTGAGAGTTTTTATAACAAAAGAagag > 2:2950214/5‑148 (MQ=255) gtcttAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGATCTTGAGAGTTTTTATAACAAAAGAAGAgt < 2:82572/145‑1 (MQ=255) ttAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGATCTTGAGAGTTTTTATAACAAAAGAAGAgtgtc < 1:3154292/148‑2 (MQ=255) tAAGAAGCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGATCTTGAGAGTTTTTATAACAAAAGAAGAgtgtcc > 1:4500002/1‑146 (MQ=255) aagaagCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGATCTTGAGAGTTTTTATAACAAAAGAAGAGTGTCCa < 1:3323938/148‑1 (MQ=255) aagaagCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGATCTTGAGAGTTTTTATAACAAAAGAAGAGTGTCCa < 1:4057582/148‑1 (MQ=255) aagaagCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGATCTTGAGAGTTTTTATAACAAAAGAAGAGTGTCCa < 1:1054941/148‑1 (MQ=255) gaagCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGATCTTGAGAGTTTTTATAACAAAAGAAGAGTGTCCAGa > 2:1220519/1‑148 (MQ=255) aagCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGATCTTGAGAGTTTTTATAACAAAAGAAGAGTGTCCAGaa > 1:1313473/1‑148 (MQ=255) agCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGATCTTGAGAGTTTTTATAACAAAAGAAGAGTGTCCAGaaa < 1:2913215/148‑1 (MQ=255) agCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGATCTTGAGAGTTTTTATAACAAAAGAAGAGTGTCCAGaaa < 2:1806134/148‑1 (MQ=255) agCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAAGAAATGTAAATGATCTTGAGAGTTTTTATAACAAAAGAAGAGTGTCCAGaaa < 1:493912/148‑1 (MQ=255) gCTTTACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAACTTACGGGATAATTAACAAGAAATGCAAATGATCTTAAGAGCTTTTATAACAAAAGCAGAGTGTCAAGaaaa > 2:3368967/1‑148 (MQ=255) | TTAATTATCAAGTCATGGCTAAATAATCAACTAGCAATTCGGG‑‑TATTAATATATCTATAAATTGTTGTTCTAGAAACTCCCCAAGAATCCGCAATCGATTTAATTTGTGTTCCACTTTCTATCAATGTTTTAAGAAGCTTAACGTCTTTATTCCTCCATTGATACTATTGTACCATAACTTGAAAGCACTTATATAAATGAACATAGAATAAATTACGGGTTAATGAACAATAAATGCAAATGATTTTAATAATCTTAATAAGAAAAGAAGAGTGTTCAGAAAA > CP043523/1848716‑1848999 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |