| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP043523 | 1,847,782 | A→G | intergenic (‑236/‑33) | FTN78_chr1896 ← / → FTN78_chr1897 | Mobile element protein/Cold shock protein of CSP family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,847,782 | 0 | A | G | 98.6% | 1991.0 / NA | 560 | intergenic (‑236/‑33) | FTN78_chr1896/FTN78_chr1897 | Mobile element protein/Cold shock protein of CSP family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (258/294); minor base T (8/0); total (266/294) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 562 total aligned reads displayed.
AATCCTCATGAAAATCTGGGGAATCACAAGAAAATCAATAAGTTTTAAATAGACCAATTTGACTTTGGTAAGAATAGGTGTTACTATTAAGAGGTAGGTTTTGTCTCGAGTTTAAATGTTTTAGGAATGCACTTTTTCGCAAAATAGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTATATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGATT > CP043523/1847637‑1847926 | aTCCTCATGAAAATCTGGGGAATCACAAGAAAATCAATAAGTTTTAAATAGACCAATTTGACTTTGGTAAGAATAGGTGTTACTATTAAGAGGTAGGTTTTGTCTCGAGTTTAAATGTTTTAGGAATGCACTTTTTCGCAAAATGGGa > 1:4477978/1‑148 (MQ=255) ccTCATGAAAATCTGGGGAATCACAAGAAAATCAATAAGTTTTAAATAGACCAATTTGACTTTGGTAAGAATAGGTGTTACTATTAAGAGGTAGGTTTTGTCTCGAGTTTAAATGTTTTAGGAATGCACTTTTTCGCAAAATGGGAtt < 2:4071639/148‑1 (MQ=255) cTCATGAAAATCTGGGGAATCACAAGAAAATCAATAAGTTTTAAATAGACCAATTTGACTTTGGTAAGAATAGGTGTTACTATTAAGAGGTAGGTTTTGTCTCGAGTTTAAATGTTTTAGGAATGCACTCTTTCGCAAAATGGGAttt > 1:1775077/1‑148 (MQ=255) tCATGAAAATCTGGGGAATCACAAGAAAATCAATAAGTTTTAAATAGACCAATTTGACTTTGGTAAGAATAGGTGTTACTATTAAGAGGTAGGTTTTGTCTCGAGTTTAAATGTTTTAGGAATGCACTTTTTCGCAAAATGGGATTTa < 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aCTTTTTCGCAAAATGGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTACATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTc > 1:3213414/1‑148 (MQ=255) tttttCGCAAAATGGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTACATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAg > 2:2487905/1‑148 (MQ=255) ttttCGCAAAATGGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTACATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAgg < 1:3599526/148‑1 (MQ=255) tttCGCAAAATGGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTACATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAggg > 1:2958845/1‑148 (MQ=255) aaaTGGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTACATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGAt > 2:1817861/1‑148 (MQ=255) aaTGGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTACATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGAtt > 2:2862424/1‑148 (MQ=255) | AATCCTCATGAAAATCTGGGGAATCACAAGAAAATCAATAAGTTTTAAATAGACCAATTTGACTTTGGTAAGAATAGGTGTTACTATTAAGAGGTAGGTTTTGTCTCGAGTTTAAATGTTTTAGGAATGCACTTTTTCGCAAAATAGGATTTACAGATGATGCGAAAGGATGTATTATATGAATAAAGGAACAATAAATTGGTTTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGATT > CP043523/1847637‑1847926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |