Predicted mutation | ||||||
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RA | CP043523 | 1,847,985 | T→A | G57G (GGT→GGA) | FTN78_chr1897 → | Cold shock protein of CSP family |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP043523 | 1,847,985 | 0 | T | A | 99.8% | 1412.6 / NA | 417 | G57G (GGT→GGA) | FTN78_chr1897 | Cold shock protein of CSP family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (144/271); minor base G (0/1); total (144/273) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 417 total aligned reads displayed.
TTAACGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGATTTTAAAAAATACGATGAAGGTCAAAAGGTTACTTTTGATATCAAAATGACGTCTCGTGGTCGTTATGCTTCAAACGTACATAAAAGATAAATGAGTTAAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAA > CP043523/1847840‑1848128 | aCGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGATTTTAAAAAATACGATGAAGGTCAAAAGGTTACTTTTGATATCAAAATGACGTCTCGTGGACGTTa > 2:694664/1‑148 (MQ=255) aCGCTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGATTTTAAAAAATACGATGAAGGTCAAAAGGTTACTTTTGATATCAAAATGACGTCTCGTGGACGTTa < 2:1098743/148‑1 (MQ=255) cTGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTCAGGGAAATGATTTTAAAAAATACGATGAAGGTCAAAAGGTTACTTTTGATATCAAAATGACGTCTCGTGGACGTTATGc > 1:2468674/1‑148 (MQ=255) tGACAAAGGCTATGGTTTTATTATGGCAGATGATATGCAAGATGTGTTTGCTTATCTCTTATCTATTTAGGGAAATGATTTTAAAAAATACGATGAAGGTCAAAAGGTTACTTTTGATATCAAAATGACGTCTCGTGGACGTTATGCt > 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |