| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP043523 | 1,867,953 | G→A | Q143Q (CAG→CAA) | FTN78_chr1914 → | Site‑specific recombinase, DNA invertase Pin related protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,867,953 | 0 | G | A | 99.7% | 971.9 / NA | 285 | Q143Q (CAG→CAA) | FTN78_chr1914 | Site‑specific recombinase, DNA invertase Pin related protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (149/135); minor base C (1/0); total (150/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
CGATAATACACCGACAGGTCAACTTATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAACTTTGCTAAAATCCATGATCCGAACTTTAAAGAAGGACGTCCTCAGAAATTTACTGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAATTAAAGCAGCAAGGTATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGACTCAAAAAAGAAGATTTATGAAGATCGCAAAAAATAAATCTATTGACAAA > CP043523/1867809‑1868100 | tgATAATACACCTACTGGTCAGCTGATTTTTTTTTTTTTTTGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGAACCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCaaaat > 2:4265614/2‑147 (MQ=255) ataataCACCTACTGGTCAGCTGATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAAtt > 2:3462506/1‑148 (MQ=255) ataataCACCTACTGGTCAGCTGATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAAtt > 1:3908391/1‑148 (MQ=255) taataCACCTACTGGTCAGCTGATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAAttt > 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ggaaggaaAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGt > 1:3160575/1‑148 (MQ=255) gaaggaaAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTa > 2:2214729/1‑148 (MQ=255) gaaggaaAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTa > 2:4617626/1‑148 (MQ=255) aaggaaAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTAt < 1:1559716/148‑1 (MQ=255) aggaaAAAATTTTGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTAtt < 1:3583347/148‑1 (MQ=255) ttttGCTAAGCTTCATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCaa < 1:2681113/147‑1 (MQ=255) taagtttcATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAacga < 1:296465/141‑1 (MQ=255) taagcttcATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAacga < 1:680138/141‑1 (MQ=255) gcttcATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAAcgaaga < 2:1289357/144‑1 (MQ=255) cATGATCCAAGTTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTa < 1:2885065/148‑1 (MQ=255) gATCCAAGCTTTAAGGAAGGGCGTCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCACTTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAtaa < 1:1418425/148‑3 (MQ=255) tCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGAc < 1:4074907/148‑1 (MQ=255) tCCTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGAc > 2:1381485/1‑148 (MQ=255) ccTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTCGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACa > 1:2045861/1‑148 (MQ=255) cTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACaa < 2:4642364/148‑1 (MQ=255) cTCAAAAATTTACCGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAGTTAAAACAGCAAGGAATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGGCTCAAAAACGAAGATTTAT‑AAAA‑‑GCAAAAAATCAAGCTATTGACaa < 1:1996565/148‑1 (MQ=255) | CGATAATACACCGACAGGTCAACTTATTTTTACCATCTTCAGTGCTTTTGCGCAGTTTGAACGAGACCTTATTGTAACCAGGACTCAGGAAGGAAAAAACTTTGCTAAAATCCATGATCCGAACTTTAAAGAAGGACGTCCTCAGAAATTTACTGAAGAACAAATTCAATTTGCTTATGAATTAAAGCAGCAAGGTATGACTTACAAGATGATTGAGCGAAAAACTGGTATCAGTATTGCGACTCAAAAAAGAAGATTTATGAAGATCGCAAAAAATAAATCTATTGACAAA > CP043523/1867809‑1868100 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |