| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP043523 | 1,848,140 | T→C | intergenic (+125/‑152) | FTN78_chr1897 → / → FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family/Cold shock protein of CSP family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,848,140 | 0 | T | C | 99.7% | 898.5 / NA | 298 | intergenic (+125/‑152) | FTN78_chr1897/FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family/Cold shock protein of CSP family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (166/131); total (167/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
TCAAACGTACATAAAAGATAAATGAGTTAAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGT‑GAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCATTACGATATGGATTTTATTAAT‑G‑GAGAGTAGTTTGACATTGACTATAATTAGTGTTATTATGAAGAAGTAAATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATGAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAA > CP043523/1847995‑1848283 | aaaCGTACATAAAAGATAAATGAGTTAAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGT‑GAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACg > 1:2689550/1‑148 (MQ=255) aaaCGTACATAAAAGATAAATGAGTTAAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGT‑GAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACg > 1:2084774/1‑148 (MQ=255) cGTACATAAAAGATAAATGAGTTAAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGT‑GAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGata < 1:3878749/148‑1 (MQ=255) 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aTGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAgg < 2:1366338/148‑1 (MQ=17) tGTCACTACGATATGGATTTTATTAAT‑CAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTAAAATTTTGT‑GAAAAGaa > 2:3916393/1‑148 (MQ=17) | TCAAACGTACATAAAAGATAAATGAGTTAAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGT‑GAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCATTACGATATGGATTTTATTAAT‑G‑GAGAGTAGTTTGACATTGACTATAATTAGTGTTATTATGAAGAAGTAAATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATGAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAA > CP043523/1847995‑1848283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |