| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP043523 | 1,882,561 | G→A | intergenic (+272/‑283) | FTN78_chr1926 → / → FTN78_chr1927 | hypothetical protein/3‑ketoacyl‑CoA thiolase, Acetyl‑CoA acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,882,561 | 0 | G | A | 88.1% | 949.2 / 142.9 | 529 | intergenic (+272/‑283) | FTN78_chr1926/FTN78_chr1927 | hypothetical protein/3‑ketoacyl‑CoA thiolase, Acetyl‑CoA acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/35); new base A (304/162); total (332/197) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 530 total aligned reads displayed.
AAACCGAAGAGCTTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATGCCTCGAATAGTCTCCATGCCCTTTATCGTGGTTGAGGCAGTACGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCTATTAGATTGTTAAGGTATTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAATTCATTACTCTGTAATTTTCTAAAGGCAGAGCCAATAGACGGAGCTTTATCCGTGACAATTACTCTAGGTTCAACAAACTGCTTATGTAGTCGTTTCAAGA > CP043523/1882415‑1882703 | aatccGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGt < 2:147861/145‑1 (MQ=11) atccGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGtt < 1:3317723/146‑1 (MQ=11) atccGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGtt > 1:4631077/3‑148 (MQ=11) ccGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTaa < 2:651187/148‑1 (MQ=11) cGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAg < 1:93715/148‑1 (MQ=11) gAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAga < 2:3692133/148‑2 (MQ=14) gAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAga < 2:705464/148‑2 (MQ=11) aaGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAgat < 2:2089655/148‑3 (MQ=11) agagCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATa < 2:1053817/148‑1 (MQ=11) gagCGTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAgatac < 2:4516606/148‑5 (MQ=11) cgttCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTc > 1:2253893/3‑148 (MQ=17) cgttCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTc > 1:1636808/3‑148 (MQ=11) tCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACg > 2:1217990/1‑148 (MQ=17) tCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCAca > 1:2008286/1‑147 (MQ=11) ccATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCAcag > 2:1763858/1‑146 (MQ=14) ccATTTCTTCGGGTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCAcag < 1:1901402/148‑3 (MQ=11) cATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCAcagt > 1:2677795/1‑145 (MQ=11) cttcGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGAt > 1:2642274/1‑148 (MQ=255) tcGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGc < 2:2226760/148‑1 (MQ=255) cGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGct < 1:4094460/148‑1 (MQ=255) cGGTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGct > 1:685360/1‑148 (MQ=255) ggTTCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGctc < 1:420702/148‑1 (MQ=18) ttCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTg < 1:867462/148‑1 (MQ=255) ttCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTg > 1:1027005/1‑148 (MQ=255) ttCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTg > 1:1589042/1‑148 (MQ=255) tCTTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGCGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAGATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGt < 2:4434203/148‑1 (MQ=255) tttttGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCt < 2:562947/148‑1 (MQ=255) ttGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAg < 1:1468587/148‑1 (MQ=18) gTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAgga > 1:2558208/1‑146 (MQ=255) gTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGta > 2:1411667/1‑148 (MQ=255) tataTTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGATCTGTCTTAGtat > 2:1826699/1‑148 (MQ=11) tattccTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGtatat > 2:4266418/5‑148 (MQ=18) tccTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATaaa < 1:1246207/147‑2 (MQ=18) tccTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATaaa > 1:4519703/2‑147 (MQ=18) cTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATaaacc > 1:2799056/1‑145 (MQ=18) cTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATaaacc > 1:1412655/1‑145 (MQ=18) tCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATaaaccg > 2:2857310/1‑144 (MQ=18) ttgtttcCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCGGTCTTAGTATATAAACCGTTAct > 2:3611242/6‑148 (MQ=255) tttcCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTg < 2:2387097/146‑1 (MQ=18) ttcCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGt < 2:1573618/147‑1 (MQ=17) tcCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTa > 2:132102/1‑148 (MQ=18) ccATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTaa < 2:4222082/148‑1 (MQ=18) cATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTaac < 2:3185990/148‑2 (MQ=18) gCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAActtt < 2:2605804/148‑1 (MQ=17) gCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAActtt > 1:3025822/1‑148 (MQ=17) cttaaTCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTa > 2:1969143/5‑148 (MQ=17) taaTCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTaaa < 2:2802663/146‑1 (MQ=18) taaTCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTaaa > 2:3247322/3‑148 (MQ=18) cGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTaaatgta > 1:230849/1‑144 (MQ=18) tGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCaga > 1:1818179/1‑148 (MQ=18) gTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCagaac > 1:3650486/1‑146 (MQ=12) gTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCagaac < 2:3385618/148‑3 (MQ=12) ttGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCagaacc > 2:4381689/1‑145 (MQ=12) ttGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAAcc < 2:3893371/148‑1 (MQ=12) aGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAAt < 1:543410/148‑1 (MQ=12) cAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGa > 2:3086646/1‑148 (MQ=12) cAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGa > 1:2211737/1‑148 (MQ=17) gttcGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGagg < 2:1629935/145‑3 (MQ=17) ttcGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGaggg > 1:3159781/3‑145 (MQ=12) ttcGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGa > 2:4330257/3‑145 (MQ=12) ttcGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGa < 1:4330257/143‑1 (MQ=12) tcGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGagggc > 1:16691/2‑144 (MQ=12) cGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGagggcg < 2:1158229/148‑6 (MQ=12) tAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCt > 1:3442907/1‑148 (MQ=12) aGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAAGGCGGAGCCAAGAGAGGGTGCtt > 1:713976/1‑148 (MQ=2) aCTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTa > 1:2462052/1‑148 (MQ=12) cTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTAt > 2:2475247/1‑148 (MQ=9) ttCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATc < 2:4162251/148‑1 (MQ=12) ttCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATc > 2:2179377/1‑148 (MQ=12) ttCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATc > 1:1010650/1‑148 (MQ=12) aTAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTg < 2:2923055/148‑1 (MQ=12) aTAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTCCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTg > 1:798989/1‑148 (MQ=17) tAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGa < 2:3763530/148‑1 (MQ=12) aaaaTTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGAc > 2:258844/1‑148 (MQ=12) aaaTTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACa < 1:2391820/148‑1 (MQ=12) tttATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAAtt > 1:3797277/1‑148 (MQ=12) tttATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAAtt > 2:856931/1‑148 (MQ=12) tttATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAAtt > 2:268901/1‑148 (MQ=12) ttATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTa > 2:4608772/1‑148 (MQ=12) tATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGCATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTAc < 2:3666737/148‑1 (MQ=255) tATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTAc > 2:1518109/1‑148 (MQ=16) ttGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTActc < 1:2880965/148‑1 (MQ=16) tGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTActct > 1:1291809/1‑148 (MQ=16) tGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTActct < 2:902109/148‑1 (MQ=12) gCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTActctt < 2:459065/148‑2 (MQ=12) tcgtTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTTGGt > 2:4057039/1‑148 (MQ=12) cgtTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTTGGtt < 2:3952953/148‑1 (MQ=12) cgtTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTTGGtt > 2:2429238/1‑148 (MQ=12) ttGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTGGttgac > 1:1115780/1‑145 (MQ=12) tGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTGGttgacc > 2:3968891/1‑144 (MQ=12) tGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTGGttgacc > 2:502091/1‑144 (MQ=12) gATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTTGGttgacca < 2:3163868/148‑6 (MQ=12) aTTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTGGttgaccaa > 1:3897841/1‑142 (MQ=12) aTTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTGGttgaccaa > 2:2345296/1‑142 (MQ=12) aTTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTTGGttgaccaa > 1:212105/1‑142 (MQ=12) gTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGACCAAACTg > 2:3523072/1‑148 (MQ=12) tCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGACCAAACTgt < 2:795020/148‑2 (MQ=12) tGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGCAGAACCAATAGAGGGCGATTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGACCAAACTGTTTAt > 1:4259776/1‑148 (MQ=9) ggTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGACCAAACTGTTTATg > 2:2992666/1‑148 (MQ=9) cTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAACCGTTACTCTGTAACTTTCTAAATGTAGAACCAATAGAGGGCGCTTTATCCGTGACAATTACTCTTGGTTGACCAAACTGTTTATGTAg < 2:2300547/148‑1 (MQ=12) | AAACCGAAGAGCTTTCCATTTCTTCGGTTCTTTTTGTATATGCCTCGAATAGTCTCCATGCCCTTTATCGTGGTTGAGGCAGTACGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCTATTAGATTGTTAAGGTATTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAATTCATTACTCTGTAATTTTCTAAAGGCAGAGCCAATAGACGGAGCTTTATCCGTGACAATTACTCTAGGTTCAACAAACTGCTTATGTAGTCGTTTCAAGA > CP043523/1882415‑1882703 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |