| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP043523 | 1,848,201 | G→A | intergenic (+186/‑91) | FTN78_chr1897 → / → FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family/Cold shock protein of CSP family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP043523 | 1,848,201 | 0 | G | A | 99.1% | 721.6 / ‑1.5 | 329 | intergenic (+186/‑91) | FTN78_chr1897/FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family/Cold shock protein of CSP family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base A (199/127); total (202/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
ATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCATTACGATATGGATTTTATTAAT‑G‑GAGAGTAGTTTGACATTGACTATAATTAGTGTTATTATGAAGAAGTAAATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATGAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATATTATGGCAAATGGAACAGTAAAATGGTTTAACGCAGATAAAGGATTTGGCTTT > CP043523/1848060‑1848342 | ttgcAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAaagaag > 1:1900866/1‑148 (MQ=37) cAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTag > 1:716710/1‑147 (MQ=37) aaTGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGAttt < 1:394246/148‑1 (MQ=37) tGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |