Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP043523 | 1,884,735 | 2 bp→TA | coding (417‑418/1467 nt) | FTN78_chr1930 → | Putative UV‑damage repair protein UvrX |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP043523 | 1,884,735 | 0 | A | T | 99.5% | 652.1 / ‑4.7 | 213 | I139I (ATA→ATT) | FTN78_chr1930 | Putative UV‑damage repair protein UvrX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (104/108); minor base C (1/0); total (105/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
* | CP043523 | 1,884,736 | 0 | G | A | 100.0% | 663.5 / NA | 213 | E140K (GAA→AAA) | FTN78_chr1930 | Putative UV‑damage repair protein UvrX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (105/108); total (105/108) |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TCCGCAATGGTATCGAACACATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTCATTGAATCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCACAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATAGAAGTTACGGATATTCTAACCAATTATACATCAATTGATGAAATTCATTCTTACTCGATTGATGAGTCGTTTCTTGACGTAACAGAATCACTCAATTTCTTTTATCCTGAGATTAAAAATCGTTATGA > CP043523/1884594‑1884863 || cGCAATGGTATCGAACACATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGAc > 2:4619094/1‑148 (MQ=21) gCAATGGTATCGAACACATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGtgaca > 2:3735616/1‑144 (MQ=255) gAACACATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACtgtc < 2:3578290/148‑4 (MQ=255) aaCACATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGAcc < 1:149450/148‑1 (MQ=255) aaCACATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGAcc > 2:2963152/1‑148 (MQ=255) acacATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCa > 2:4490461/1‑148 (MQ=255) acacATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCa < 2:4167550/148‑1 (MQ=25) cacaTACAGACATTCATGTACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCaa > 1:2764066/1‑148 (MQ=25) cacaTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCaa < 1:2519488/148‑1 (MQ=25) cacaTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCaa > 1:203332/1‑148 (MQ=25) acaTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCGAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAAt < 2:2655712/148‑1 (MQ=255) caTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAAtt < 2:4364444/148‑1 (MQ=255) aTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATta > 1:4026196/1‑148 (MQ=255) aTACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATta < 1:2382200/148‑1 (MQ=21) aCAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATtata > 1:1552001/1‑148 (MQ=21) cAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATAc < 2:3783424/148‑1 (MQ=255) cAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATAc < 2:3935859/148‑1 (MQ=255) cAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATAc < 2:4644469/148‑1 (MQ=255) cAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATAc > 2:950521/1‑148 (MQ=255) 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ttCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAAt > 1:2825880/1‑148 (MQ=25) ttCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAAt < 2:3243045/148‑1 (MQ=21) ttCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAAt > 1:1938947/1‑148 (MQ=25) tCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACATATATACTGACCAATTATACGTCAAtt < 2:4591471/148‑1 (MQ=255) cATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATtg < 2:4156829/148‑1 (MQ=255) cATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATtg > 2:201792/1‑148 (MQ=255) cATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATtg > 2:2339625/1‑148 (MQ=255) cATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATtg < 2:2432711/148‑1 (MQ=255) tGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATtgat < 2:2080351/148‑1 (MQ=21) tGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTTATTGAGTCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATtgat > 2:2420179/1‑148 (MQ=21) 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gggCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATATAGTTAACGTGACAGATATACTGGCCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATc < 2:3007101/148‑1 (MQ=255) cGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCTCACATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCatt < 2:3156053/148‑3 (MQ=255) cGAAACGCACGTGGATGGTTCCTCCTCAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCatt < 1:1318763/148‑3 (MQ=255) ctcctcAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGAt < 1:3746448/148‑1 (MQ=255) tcctcaAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGAtt > 1:3874180/5‑148 (MQ=255) ctcaAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTaa < 1:3612927/146‑1 (MQ=255) tcaAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTaaa > 1:865585/2‑148 (MQ=255) caAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTaaaa > 1:2116565/1‑148 (MQ=255) caAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTaaaa > 1:144510/1‑148 (MQ=255) caAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTaaaa < 1:567379/148‑1 (MQ=255) aaaTGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTaaaaa < 2:1290075/148‑1 (MQ=255) aTGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATc < 1:2910449/148‑1 (MQ=255) aTGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATc > 1:84921/1‑148 (MQ=255) aTGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATc > 2:655588/1‑148 (MQ=255) tGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCg < 2:2482271/148‑1 (MQ=255) cAGCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCgat > 1:4225715/1‑146 (MQ=255) gCTCTATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGatat < 1:147612/148‑1 (MQ=255) ctctATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATATg < 1:3829828/148‑1 (MQ=255) ctctATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATATg > 2:4525696/1‑148 (MQ=255) ctctATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATATg > 2:1883409/1‑148 (MQ=255) tctATGTGGACTATAAAATTAAAGTGACAGATATACTGACCAATTATACGTCAATTGATGAGATTCACTCCTACTCGATTGATGAATCTTTTTTGGATATCACAGAATCATTGAACTTCTTCTACCCTGAGATTAAAAATCGATATGa > 1:2984429/1‑148 (MQ=255) || TCCGCAATGGTATCGAACACATACAGACATTCATGGACAGCGAACTGAACCAACTTTGCAATATGTCGCTTTCATTGAATCTTGGGCGAAACGCACGTGGATTGTTCCTCCACAAATGCAGCTCTATGTGGACTATAAAATAGAAGTTACGGATATTCTAACCAATTATACATCAATTGATGAAATTCATTCTTACTCGATTGATGAGTCGTTTCTTGACGTAACAGAATCACTCAATTTCTTTTATCCTGAGATTAAAAATCGTTATGA > CP043523/1884594‑1884863 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |