Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP043523 | 1,848,162 | 1 bp→CA | intergenic (+147/‑130) | FTN78_chr1897 → / → FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family/Cold shock protein of CSP family |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP043523 | 1,848,161 | 1 | . | C | 92.0% | 763.0 / 86.3 | 299 | intergenic (+146/‑131) | FTN78_chr1897/FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family/Cold shock protein of CSP family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (11/13); new base C (165/110); total (176/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP043523 | 1,848,162 | 0 | G | A | 92.3% | 709.9 / 50.0 | 299 | intergenic (+147/‑130) | FTN78_chr1897/FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family/Cold shock protein of CSP family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (166/109); minor base C (10/13); total (176/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
AAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCATTACGATATGGATTTTATTAAT‑G‑GAGAGTAGTTTGACATTGACTATAATTAGTGTTATTATGAAGAAGTAAATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATGAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATATTATGGCAAATGGAACAGTA > CP043523/1848023‑1848309 ||| aGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGagtagt > 1:4335731/1‑148 (MQ=255) cATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGttt > 1:2722177/1‑148 (MQ=255) cATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGttt > 1:941716/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |