| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3599502 = | 46 (1.420) | 37 (1.220) | 34/394 | 0.1 | 47.7% | coding (157/1104 nt) | livJ | branched chain amino acid/phenylalanine ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913 | = 3874520 | 38 (1.250) | coding (641/690 nt) | dgoR | DNA‑binding transcriptional regulator DgoR | |||||
ATACGGTGCAACTTTCCAGCCGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGCCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAGCGCCTTATGTTCCTGGAGCGTTTGCGGCATGTTGGCCTCATCGCCCATCCAGGTTCGTTCAAAAACCGCCCGCTGCAGCGAACTGATCGCAATGCTAAGTTGCTGTAACACCGGGTTATGCACCGACTGCAGCACCGCCTCGTGGTAGCGAATATCCGCTTCGTTAAACGCTTCGCGGTCCTGATTGTTGGC‑AATCATCTCGTTCAGCGCCGATTCAATCTGCGCCAGATCGCTGG > NC_000913/3874241‑3874805 | aTACGGTGCAACTTTCCAGCCGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGTGccgcctg < 1:399952‑M2/287‑8 (MQ=255) tGCAACTTTCCAGCCGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGcc > 1:221230/1‑288 (MQ=255) tGCAACTTTCCAGCCGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGAGTGTTCTCTTCACGACAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGTTCTCCAGGCGGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTAGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGACCATGGTTAGCGccgcctgctctgc < 1:475951‑M2/287‑14 (MQ=255) ttCCAGCCGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTATCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGCCGCATCGc < 1:247726/288‑1 (MQ=255) ccGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGGTTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcct < 1:310445‑M2/288‑28 (MQ=255) gctgcCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTAAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccg > 1:493688‑M2/1‑253 (MQ=255) cATTACCACTGGCGGTTTCTCTTCACGACAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccg > 1:211506‑M2/1‑235 (MQ=255) 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tGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgc < 2:139465‑M2/194‑5 (MQ=255) tGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgc > 1:139465‑M2/1‑190 (MQ=255) gCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccggacattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttctgccagagccatattgctga < 1:10048‑M2/288‑109 (MQ=255) aGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGTTAAAGCCAGTCGCGCAGATTGGTTGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGGCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGCCGCATCGCCGTCCTGAt > 1:213050/1‑208 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cATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggccaccgtactgcgcaacccgaccggacattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttctgccagagccatattgctgaatgccagcgcgatacatcctgccagtaacgctttaccctttatgttcatcctgagaatccccattctt > 1:240250‑M2/1‑49 (MQ=255) tttCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGCCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAGCGCCTTATGTTCCTGGAGCGTTTGCGGCATGTTGGCCTCATCg > 2:131257/1‑134 (MQ=255) tttCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGCCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAGCGCCTTATGTTCCTGGAGCGTTTGCGGCATGTTGGCCTCATCg < 1:131257/134‑1 (MQ=255) ttCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccggacattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttctgccagagccatattgctgaatgccagcgcgatacatcctgccagtaacgctttaccctttatgttcatcctgagaatccccattcttctggttattacgtgtgttgtgatgttgtttttcagcactttatttcgttttatgcatgactacccgtgctt > 1:243680‑M2/1‑41 (MQ=255) ttCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtc < 2:347734‑M2/72‑32 (MQ=255) ttCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtc > 1:347734‑M2/1‑41 (MQ=255) ttCCATTAACCTTCTTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccgtgaaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccggacattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttatgccagagccatattgctgaatgccagcgcgatacatcctgccagtaacgctttaccctttatgttcatcctgagaatccccattcttctggttattacgtgtgttgtgatgttgttttttagcactttatttcgttttatgcatgactacccgtgctt > 1:293483‑M2/1‑41 (MQ=255) tCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaac > 1:179934‑M2/1‑40 (MQ=255) tCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaac < 2:179934‑M2/86‑47 (MQ=255) tCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGCCGCATCGCCGTcc > 1:309964/1‑66 (MQ=255) tCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGCCGCATCGCCGTcc < 2:309964/66‑1 (MQ=255) tCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGCCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAGCGCCTTATGTTCCTGGAGCGTTTGTGGCATGTTGGCCTCATCGCCCATCCAGGTTCGTTCAAAAAACGCCCGCTGCAGCGAACTGATCGCAATGCTAAGTTGCTGTAACACCCGGTTATGCACCGACTGCAGCACCGCCCCGTGGTAGCGAATATCCGCTTCGTTAAACGCTTCGCGGTCCTGCTTGTTGGC‑aacaat > 1:257198/1‑283 (MQ=255) ccTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccggacattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttctgccagagccatattgctgaatgccagcgcgatacatcctgccagtaacgctttaccctttatgttcatcctgagaatccccattcttctggttattacgtgtgttgtgatgttgtttttcagcactttatttcgttttatgcatgactacccgtgcttta > 1:410938‑M2/1‑39 (MQ=255) cTTTATCCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccggacattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttctgccagagccatattgctgaatgccagcgcgatacatcctgccagtaacgctttaccctttatgttcatcctgagaatccccattcttctggttattacgtgtgttgtgatgttgtttttcagcactttatttcgttttatgcatgactacccgtgctttag > 1:432803‑M2/1‑38 (MQ=255) tttAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccggacattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttctgccagagccatattgctgaatgccagcgcgatacatcctgccagtaacgctttaccctttatgttcatcctgagaatccccattcttctggttattacgtgtgttgtgatgttgtttttcagcactttatttcgttttatgc > 1:31496‑M2/1‑37 (MQ=255) ttAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccggacattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttctgccagagccatattgctgaatgccagcgcgatacatcctgccagtaacgctttaccctttatgttcatcctgagaatccccattcttctggttattacgtgtgttgtgatgttgtttttcagcactttatttcgttttatgcatgactacccgtgctttagca > 1:379469‑M2/1‑36 (MQ=255) cGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccggacattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttctgccagag > 1:447616‑M2/1‑28 (MQ=255) cGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccggacattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttctgccagag < 2:447616‑M2/124‑97 (MQ=255) cGTCTCGAGCTGGCGATCTTGGTAAGCGccgtctgctctgcgccggctaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccggccattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttctgccagagccatattgctgaatgccaccgcgatacatcccgccagtaacgctttacccttttcgttcatcctgagaatcccccttcttctggttattacttgtgttgttatgttgttttcttgccctttatttcgtttttnttcntntgt < 2:387651‑M2/266‑239 (MQ=255) tCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGccgtctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccggacattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttctgccagagccatattgctgaatgccagcgcgatacatcctgccagtaacgctttaccctttatgttcatcctgagaatccccattcttctggttattacgtgtgttgtgatgttgtttttcagcactttatttcgttttatgcatgactacccgtgctttagcagcatactctgc > 1:387651‑M2/1‑24 (MQ=255) gCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGCCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAGCGCCTTATGTTCCTGGAGCGTTTGCGGCATGTTGGCCTCATCGCCCATCCAGGTTCGTTCAAAAACCGCCCGCTGCAGCGAACTGATCGCAATGCTAAGTTGCTGTAACACCGGGTTCTGCACCGACTTCAGCACCGCCTCGTGGTAGCGAGAACCAGCTTCGTTAAACCCTTGGCGATCCGCACTGTTGGCAAATCTTC‑CGTTCCGCGcccgtttcacctg > 2:215595/1‑276 (MQ=255) aaGCGccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccggacattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttctgccagagccatattgctgaatgccagcgcgatacatcctgccagta > 1:561373‑M2/1‑5 (MQ=255) cgccgcctgctctgcgccggtaaactcctggtcaccgtactgcgcaaccggaccggacattgcgcccacgaccgcgactttaatatcttctgccagagccatattgctgaatgccagcgcgatacatcctgccagtaacgctttaccctttatgttcatcctgagaatcaccattcttctggttattacgtgtgttgtgatgttgtttttcagcactttatttcgttttatgcatgactacccgtgctttagcagcatactctgctaatacataccctatttttatga < 1:144506‑M2/288‑287 (MQ=255) | ATACGGTGCAACTTTCCAGCCGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGCCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAGCGCCTTATGTTCCTGGAGCGTTTGCGGCATGTTGGCCTCATCGCCCATCCAGGTTCGTTCAAAAACCGCCCGCTGCAGCGAACTGATCGCAATGCTAAGTTGCTGTAACACCGGGTTATGCACCGACTGCAGCACCGCCTCGTGGTAGCGAATATCCGCTTCGTTAAACGCTTCGCGGTCCTGATTGTTGGC‑AATCATCTCGTTCAGCGCCGATTCAATCTGCGCCAGATCGCTGG > NC_000913/3874241‑3874805 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |