Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 257,908 | Δ776 bp | insB9–[crl] | insB9, insA9, [crl] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 257908 | 258683 | 776 | 50 [0] | [0] 50 | insB9–[crl] | insB9,insA9,[crl] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 257907 | 0 (0.000) | 50 (1.280) | 39/422 | 0.1 | 100% | intergenic (+8/+16) | crl/insB9 | RNA polymerase holoenzyme assembly factor Crl/IS1 family transposase B |
? | NC_000913 | 258684 = | 0 (0.000) | pseudogene (9/331 nt) | crl | RNA polymerase holoenzyme assembly factor Crl |
TCAGCCCGGAAGAGGACTCACGCTTAATCACCTCATCATCTGCTGACGGTAAATTATTAGAGATCCCATTTAACCCGGTGTATCGGAATTTTGACAAAGGTCTTCAGGAAATCACCGACTGGATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATTTGGTAAAACAGTTGCATCACAACAGGAGATAGCAATGACGTTACCGAGTGGACACCCGAAGAGCAGATTGATCAAAAAATTTACCGCACTAGGCCCGTATATTCGTGAAGGTAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATCACCACGTCAAAGGGTGACAGCAGGCTCATAAGACGCCC > NC_000913/257629‑258177 | tCAGCCCGGAAGAGGACTCACGCTTAATCACCTCATCATCTGCTGACGGTAAATTATTAGAGATCCCATTTAACCCGGTGTATCGGAATTTTGACAAAGGTCTTCAGGAAATCACCGACTGGATCGAAAAACGCGTGTGTTAACAATTTGCTAAATTTTGCCAATTTGGTAAAACAGTTGCATCACAACAGGAGATAGCAATGACGTTACCGAGTGGACACCCGAAGAGCAGATTGATCAAAAAATTTACCGCACTAGGCCCGTATATTCTTGAAGGTAagtgcaaag > 1:311462‑M1/1‑279 (MQ=255) 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1:531871‑M1/1‑83 (MQ=255) aGCAATGACGTTACCGAGTGGACACCCGAAGAGCAGATGGATCAAAAAATTTACCGCACTAGGCCCGTATATTCGTGAAGGTAagtgcaaagataatcgattctttttcgattgt < 2:566118‑M1/115‑33 (MQ=255) tGACGTTACCGAGTGGACACCCGAAGAGCAGATTGATCAAAAAATTTACCGCACTAGGCCCGTATATTCGTGAAGGTAagtgcaaagataatcgattctttttcgattgtctggctgtatgcgtcaacgtgaaaccggcaccggaagtgcgtgaattctggggctggtggatggagctggaagcgcaggaatcccgttttaccta > 1:493406‑M1/1‑78 (MQ=255) tGACGTTACCGAGTGGACACCCGAAGAGCAGATTGATCAAAAAATTTACCGCACTAGGCCCGTATATTCGTGAAGGTAagtgcaaagataatcgattctttttcgattgtctggctgtatgcgtcaacgtgaaaccggcaccggaagtgcgtgaattctggggctggtggatggagctggaagcgcaggaatcccgttttaccta < 2:493406‑M1/205‑128 (MQ=255) ttgcgcacaccgaggagcgaATTGTTCAAAAAATTTACCGAACTGGGCCCGTTTATTCGGGAAGGTAagtgcaaagataatcgattctttttcgattgtctggctgtatgcgtcaacgtgaaaccggcaccggaagtgcgtgaattctggggctggtggatggagctggaagcgcaggaatcccgttttacctacagttaccagtttggtctgttcgataaagcaggcgactggaagagtgttccggtaaaagacactgaagtggttgaacga < 2:59828‑M1/264‑207 (MQ=255) 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tataTTCGTGAAGGTAagtgcaaagataatcgattctttttcgattgtctggctgtatgcgtcaacgtgaaaccggcaccggaagtgcgtgaattctggggctggtggatggagctggaagcgcaggaatcccgttttacctacagttaccagtttggtctgttcgataaagcaggcgactggaagagtgttccggtaaaagacactgaagtggttgaacgactggagcacaccctgcgtgagtttcacgagaagctgcgtgaactgctgacgacgctgaatctga > 1:604683‑M1/1‑16 (MQ=255) tataTTCGTGAAGGTAagtgcaaagataatcgattctttttcgattgtctggctgtatgcgtcaacgtgaaaccggcaccggaagtgcgtgaattctggggctggtggatggagctggaagcgcaggaatcccgttttacctacagttaccagtttggtctg < 2:248996‑M1/162‑147 (MQ=255) tataTTCGTGAAGGTAagtgcaaagataatcgattctttttcgattgtctggctgtatgcgtcaacgtgaaaccggcaccggaagtgcgtgaattctggggctggtggatggagctggaagcgcaggaatcccgttttacctacagttaccagtttggtctg > 1:248996‑M1/1‑16 (MQ=255) tataTTCGTGAAGGTAagtgcaaagataatcgattctttttcgattgtctggctgtatgcgtcaacgtgaaaccggcaccggaagtgcgtgaattctggggctggtggatggagctggaag < 2:388256‑M1/121‑106 (MQ=255) tataTTCGTGAAGGTAagtgcaaagataatcgattctttttcgattgtctggctgtatgcgtcaacgtgaaaccggcaccggaagtgcgtgaattctggggctggtggatggagctggaag > 1:388256‑M1/1‑16 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TCAGCCCGGAAGAGGACTCACGCTTAATCACCTCATCATCTGCTGACGGTAAATTATTAGAGATCCCATTTAACCCGGTGTATCGGAATTTTGACAAAGGTCTTCAGGAAATCACCGACTGGATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATTTGGTAAAACAGTTGCATCACAACAGGAGATAGCAATGACGTTACCGAGTGGACACCCGAAGAGCAGATTGATCAAAAAATTTACCGCACTAGGCCCGTATATTCGTGAAGGTAGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATCACCACGTCAAAGGGTGACAGCAGGCTCATAAGACGCCC > NC_000913/257629‑258177 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |