Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,966,741 | C→T | R109C (CGC→TGC) | rho → | transcription termination factor Rho |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,966,741 | 0 | C | T | 98.3% | 201.4 / ‑4.3 | 60 | R109C (CGC→TGC) | rho | transcription termination factor Rho |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (31/27); total (33/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 |
TTGCCATCCTGAAGCAGCACGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCATTGCTTAC > NC_000913/3966523‑3967007 | ttGCCATCCTGAAGCAGCACGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGGTTCGCCCGCCGACAGCAGGTGAATGCTATTTTTCGCTGCCTAACGTTAACGAAGTTAACTTTGCCAACACCGGAAAACCCCCCcacaaacaa > 2:743643/1‑280 (MQ=255) ntaccaaagaaggTGGCGAGGTTATCTTTGTGGATGGCGTACTGGGGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGca < 2:149815/252‑1 (MQ=255) gcaCGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATcc > 1:149815/1‑272 (MQ=255) caCGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAACGAAGGTGAAGGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAACCGCCCTCAACACAATCCAC‑TTTTAGGACTCaa > 2:720026/1‑286 (MQ=255) caCGCAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGAATTGGTTTCCTTCGTTCCGCCGACAGCTCCTACATCCTCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAACAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTAGTCAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAAc > 1:735833/1‑287 (MQ=255) cAAAGAGTGGCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCATAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGACAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAATTTAAccc > 1:236503/1‑285 (MQ=255) gCGAAGATATCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCaa > 1:365606/1‑288 (MQ=255) atatCTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAACGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAATTTAACTTCGACAA‑ACCTTAAAAGCCTCGCCTCAAAATCCCCATTTTAAAATTTAAACCCCCTGctccccaacct > 2:436779/1‑277 (MQ=255) tACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTgc > 2:427633/1‑175 (MQ=255) tACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTgc < 1:427633/175‑1 (MQ=255) tACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTCCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATATCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTga < 1:106288/241‑1 (MQ=255) 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ccTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTgg < 1:743643/282‑1 (MQ=255) ccTCGCCTGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGAATCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTAt < 1:417507/288‑1 (MQ=255) gCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAg < 1:110640/136‑1 (MQ=255) gCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAg > 2:110640/1‑136 (MQ=255) 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atgaCATCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCCTCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTgg > 1:118531/1‑258 (MQ=255) aTCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGaa > 1:86296/1‑210 (MQ=255) aTCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGaa < 2:86296/210‑1 (MQ=255) aTCTACGTTTCCCCTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTACCGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTAGCGTACTGGATCTGGCATCACCTACCGGTCGTGGTCAGCGTg > 1:404658/1‑286 (MQ=255) ccccTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACa > 1:471815/1‑123 (MQ=255) ccccTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACa < 2:471815/123‑1 (MQ=255) ccccTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTGCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTACCGGCCCTGGTCAGCGTGGTCTGGTtttg > 1:234904/1‑287 (MQ=255) ccgTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGt > 1:416102/1‑262 (MQ=255) gCACTGGTGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGt < 1:787449/239‑1 (MQ=255) tGATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTAGTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGAAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCACGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAAc < 1:319420/192‑1 (MQ=255) tGATAACATCTCTGGTAAGCTTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTCACGAAGTTCACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCACGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGTGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTAGTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGt < 1:120971/241‑1 (MQ=255) gATACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCg < 1:220417/236‑1 (MQ=255) aTACCATCTCTGGTAAGATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAATGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGGAGTTAACTTCGACAA‑ACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTC‑TTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACa < 1:670359/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |