Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 3,389,812 Δ1 bp intergenic (‑149/+4151) tldD ← / ← cafA TldD/CafA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009133,389,8110C.100.0% 479.6 / NA 143intergenic (‑148/+4152)tldD/cafATldD/CafA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base . (73/70);  total (73/70)

Only 100 of 166 total aligned reads displayed.

CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC  >  NC_000913/3389719‑3389848
                                                                                            |                                     
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 ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcg                                      <  2:2530471/93‑2 (MQ=255)
  gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg                                     <  2:1202153/93‑3 (MQ=255)
  gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg                                     >  2:6319421/1‑91 (MQ=255)
  gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg                                     >  1:874242/1‑91 (MQ=255)
  gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg                                     >  2:6811022/1‑91 (MQ=255)
   cgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcggc                                    <  2:2479572/93‑4 (MQ=255)
   cgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcggc                                    <  2:6156129/93‑4 (MQ=255)
   cgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcggc                                    >  1:1585539/1‑90 (MQ=255)
    gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcggcg                                   >  1:7126955/1‑89 (MQ=255)
    gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcggcg                                   <  1:5288692/93‑5 (MQ=255)
     tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGt                                 >  1:6287467/1‑93 (MQ=255)
     tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGt                                 >  2:1174328/1‑93 (MQ=255)
     tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGt                                 >  1:2648367/1‑93 (MQ=255)
     tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGt                                 >  2:76338/1‑93 (MQ=255)
      gAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTa                                >  1:1503465/1‑93 (MQ=255)
       aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTna                               >  2:7232165/1‑93 (MQ=255)
       aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaa                               <  2:7517095/93‑1 (MQ=255)
        aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa                              >  2:2902119/1‑93 (MQ=255)
        aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa                              <  2:4729119/93‑1 (MQ=255)
        aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa                              <  2:4729120/93‑1 (MQ=255)
        aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa                              <  1:7219961/93‑1 (MQ=255)
         cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAc                             >  2:4035219/1‑93 (MQ=255)
         cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAc                             <  2:7243087/93‑1 (MQ=255)
           cccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGc                           >  2:746692/1‑93 (MQ=255)
            ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGcc                          >  1:4358914/1‑93 (MQ=255)
            ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGcc                          <  2:6547062/93‑1 (MQ=255)
            ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGcc                          >  1:2037431/1‑93 (MQ=255)
             cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt                         >  2:5939362/1‑93 (MQ=255)
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             cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt                         <  2:3297810/93‑1 (MQ=255)
             cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt                         >  2:2389549/1‑93 (MQ=255)
              tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑GGGCGTAAACGCCtt                        >  2:4376257/1‑93 (MQ=255)
              tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt                        >  1:768177/1‑93 (MQ=255)
              tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt                        >  2:3890084/1‑93 (MQ=255)
              tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt                        >  2:5852497/1‑93 (MQ=255)
              tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt                        >  2:692027/1‑93 (MQ=255)
               aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa                       <  2:5749081/93‑1 (MQ=255)
               aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa                       <  1:1001575/93‑1 (MQ=255)
                tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt                      <  2:7393424/93‑1 (MQ=255)
                tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt                      >  1:103508/1‑93 (MQ=255)
                tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt                      >  1:530701/1‑93 (MQ=255)
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                tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt                      >  1:32740/1‑93 (MQ=255)
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                 ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc                     >  1:1626259/1‑93 (MQ=255)
                  cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATcc                    <  2:4922534/93‑1 (MQ=255)
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                     ccTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGAc                 >  2:1727230/1‑93 (MQ=19)
                      cTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc                <  1:5038065/93‑1 (MQ=255)
                      cTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc                <  1:5920066/93‑1 (MQ=255)
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                       tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt               >  1:2814221/1‑93 (MQ=19)
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                       tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt               >  2:5448403/1‑93 (MQ=19)
                       tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt               >  1:1285326/1‑93 (MQ=19)
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                        aCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa              <  2:6611326/93‑1 (MQ=255)
                        aCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa              <  2:2573634/93‑1 (MQ=255)
                         cGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc             <  1:6892905/93‑1 (MQ=255)
                         cGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc             <  1:2687957/93‑1 (MQ=255)
                          ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg            >  2:5567420/1‑93 (MQ=19)
                           gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg           >  2:6008653/1‑93 (MQ=19)
                            ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt          <  1:1149975/93‑1 (MQ=19)
                            ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt          <  2:4384229/93‑1 (MQ=19)
                            ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt          <  1:6449091/93‑1 (MQ=19)
                            ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt          <  1:915378/93‑1 (MQ=19)
                              aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa        >  2:2694904/1‑93 (MQ=19)
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                              aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa        >  2:2549582/1‑93 (MQ=19)
                              aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa        <  2:3976426/93‑1 (MQ=19)
                              aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa        <  1:1151244/93‑1 (MQ=19)
                               tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt       <  2:3132469/93‑1 (MQ=19)
                               tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt       >  2:1359063/1‑93 (MQ=19)
                               tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt       >  2:4290404/1‑93 (MQ=19)
                                gTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATg      <  1:4648469/93‑1 (MQ=19)
                                gTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATg      <  2:1009601/93‑1 (MQ=19)
                                gTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATg      >  1:6002889/1‑93 (MQ=19)
                                 ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt     >  1:4170768/1‑93 (MQ=16)
                                 ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt     <  1:508429/93‑1 (MQ=16)
                                 ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt     >  2:5618028/1‑93 (MQ=16)
                                  tCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCTCAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt    <  1:1423576/93‑1 (MQ=255)
                                  tCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt    >  2:2416292/1‑93 (MQ=12)
                                  tCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt    >  2:6273900/1‑93 (MQ=12)
                                  tCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt    <  1:5242802/93‑1 (MQ=12)
                                  tCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt    <  1:353437/93‑1 (MQ=12)
                                  tCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt    >  2:347630/1‑93 (MQ=12)
                                   ccGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc   >  1:2958495/1‑93 (MQ=9)
                                   ccGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc   <  1:1755811/93‑1 (MQ=9)
                                    cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc  >  2:7130157/1‑93 (MQ=0)
                                    cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc  <  1:6503855/93‑1 (MQ=0)
                                    cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc  <  2:1606750/93‑1 (MQ=0)
                                    cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc  >  2:6414605/1‑93 (MQ=0)
                                    cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc  <  2:4496248/93‑1 (MQ=0)
                                    cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc  <  2:4190817/93‑1 (MQ=0)
                                    cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc  <  1:7495223/93‑1 (MQ=0)
                                                                                            |                                     
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC  >  NC_000913/3389719‑3389848

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑