| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,139,669 | +C | coding (233/330 nt) coding (132/159 nt) |
yijI → b4558 ← |
hypothetical protein hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,139,667 | 1 | . | C | 99.7% | 1110.9 / ‑5.8 | 326 | L77F (TTG→TTC) A45G (GCA→GGA) | yijI b4558 | hypothetical protein hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base C (151/174); minor base T (1/0); total (152/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
GCTTCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑CCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCAT > NC_000913/4139575‑4139754 | gcTTCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTg > 1:6713376/1‑93 (MQ=255) ttCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑cc < 2:88366/93‑1 (MQ=255) tCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccc > 1:1047805/1‑92 (MQ=255) tCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccc > 1:4090934/1‑92 (MQ=255) tCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccc < 2:580810/93‑2 (MQ=255) ccTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccct < 1:5660893/93‑3 (MQ=255) cTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccctt > 2:5041932/1‑90 (MQ=255) cTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccctt < 1:2945265/93‑4 (MQ=255) tGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑cccttg > 1:4332971/1‑89 (MQ=255) tGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑cccttg > 2:3718158/1‑89 (MQ=255) tGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑cccttg < 1:2766010/93‑5 (MQ=255) ttCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCg > 2:3495614/1‑93 (MQ=255) ttCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCg > 1:6318492/1‑93 (MQ=255) ttCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCg > 1:2442469/1‑93 (MQ=255) tcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCa > 2:1585477/1‑93 (MQ=255) tcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCa < 1:4906893/93‑1 (MQ=255) cgGCCCCGGAGATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAg > 1:2005538/1‑93 (MQ=255) ggCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGt < 2:2080108/93‑1 (MQ=255) ggCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGt < 2:4336035/93‑1 (MQ=255) ccccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTgc < 1:2576791/93‑1 (MQ=255) cccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTgcg > 1:3865460/1‑93 (MQ=255) cccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTgcg > 1:5576349/1‑93 (MQ=255) ccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTgcgc > 2:3845342/1‑93 (MQ=255) ggAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAg < 2:2268320/93‑1 (MQ=255) gAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAgg > 1:5027265/1‑93 (MQ=255) gAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAgg < 1:7249739/93‑1 (MQ=255) gAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAgg < 1:1318809/93‑1 (MQ=255) aaaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGt < 1:3522410/93‑1 (MQ=255) aaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGtt < 2:6931793/93‑1 (MQ=255) aaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGtt < 2:7182271/93‑1 (MQ=255) aTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTa < 2:6100827/93‑1 (MQ=255) tCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTAt < 1:6342430/93‑1 (MQ=255) tCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTAt < 2:1720948/93‑1 (MQ=255) cAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATg < 1:1930093/93‑1 (MQ=255) cAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATg < 2:1030019/93‑1 (MQ=255) aGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGc > 2:4147250/1‑93 (MQ=255) gCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAt < 2:771692/93‑1 (MQ=255) gCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAt > 2:7346139/1‑93 (MQ=255) cAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAtt < 2:2887228/93‑1 (MQ=255) aGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAttt > 1:1162349/1‑93 (MQ=255) gTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTtg < 1:3134263/93‑1 (MQ=255) gTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTtg > 2:5394121/1‑93 (MQ=255) ttATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTtgt > 1:1098946/1‑93 (MQ=255) ttATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTtgt < 1:4295051/93‑1 (MQ=255) ttATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTtgt > 1:5411195/1‑93 (MQ=255) aTCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtga < 2:3423456/93‑1 (MQ=255) tCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgat < 1:6552800/93‑1 (MQ=255) cccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaa < 2:1823452/93‑1 (MQ=255) ccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCCTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaa < 1:471127/93‑1 (MQ=255) cgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaa < 2:487637/93‑1 (MQ=255) gccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaaa > 1:3979986/1‑93 (MQ=255) gccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaaa > 1:2660394/1‑93 (MQ=255) ccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAg > 1:161680/1‑93 (MQ=255) gCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAt < 2:5482549/93‑1 (MQ=255) gCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAt < 1:7191387/93‑1 (MQ=255) gCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAt > 2:4415496/1‑93 (MQ=255) gCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAt < 2:2836694/93‑1 (MQ=255) cGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAtt < 1:3662659/93‑1 (MQ=255) cGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAtt < 1:1555119/93‑1 (MQ=255) gTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTa > 2:393931/1‑93 (MQ=255) tATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTac > 1:5842653/1‑93 (MQ=255) tATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTac < 2:5651546/93‑1 (MQ=255) tATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTac < 2:3650162/93‑1 (MQ=255) tATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTac < 1:7359932/93‑1 (MQ=255) tATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTac < 2:2666341/93‑1 (MQ=255) aTCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTaca < 2:6826795/93‑1 (MQ=255) aTCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTaca < 2:5893517/93‑1 (MQ=255) tCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTacac > 2:6276627/1‑93 (MQ=255) tCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTacac < 1:1448447/93‑1 (MQ=255) tCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTacac > 1:891359/1‑93 (MQ=255) nnggTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTacac < 2:2547305/91‑1 (MQ=255) cGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTAcaca > 2:6671238/1‑93 (MQ=255) cGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTAcaca > 2:7092019/1‑93 (MQ=255) cGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTAcaca < 2:4683643/93‑1 (MQ=255) ggTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAg < 1:2243190/93‑1 (MQ=255) gTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGc < 2:2772735/93‑1 (MQ=255) tGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCg > 1:6133295/1‑93 (MQ=255) cAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGttt > 1:5274737/1‑93 (MQ=255) 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cgcTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCg < 2:3910633/93‑1 (MQ=255) cgcTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCg < 1:4451109/93‑1 (MQ=255) cTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGa < 2:1096559/93‑1 (MQ=255) ttttGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGAc > 2:3312028/1‑93 (MQ=255) tGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGAcgcg < 1:7043748/93‑1 (MQ=255) gCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCa > 1:2999078/1‑93 (MQ=255) | GCTTCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑CCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCAT > NC_000913/4139575‑4139754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |