| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 705,013 | 0 | C | T | 72.9% | 427.8 / 147.9 | 225 | P616L (CCG→CTG) | nagE | PTS system, N‑acetylglucosamine‑specific enzyme IIABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/38); new base T (72/92); total (95/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
GGTGGAAGAGGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCGGGTCAAACACCGCTGTATGAAATCA > NC_000913/704921‑705105 | ggtggAAGAGGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGccc < 2:2832973/93‑1 (MQ=255) gtggAAGAGGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCg < 2:1145214/93‑1 (MQ=255) tggAAGAGGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTgg < 2:3278890/93‑1 (MQ=255) tggAAGAGGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCgg > 2:2592335/1‑93 (MQ=255) ggAAGAGGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTggt > 2:3795657/1‑93 (MQ=255) ggAAGAGGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTggt < 1:4764006/93‑1 (MQ=255) ggAAGAGGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCggt < 1:1004569/93‑1 (MQ=255) agagGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTggtggt > 1:1772023/1‑93 (MQ=255) agagGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTggtggt < 2:6809052/93‑1 (MQ=255) gagGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGtt > 1:2104536/1‑93 (MQ=255) agGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGttt < 2:2677587/93‑1 (MQ=255) agGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGttt > 1:3120228/1‑93 (MQ=255) ggTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTgc > 2:5681056/1‑93 (MQ=255) gTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTgca < 2:4185208/93‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTgcag > 2:4331597/1‑93 (MQ=255) gcgcAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTgcagc > 2:5178613/1‑93 (MQ=255) cgcAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTgcagca < 2:1519687/93‑1 (MQ=255) gcAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCaa > 1:7208708/1‑93 (MQ=255) gcAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCaa < 1:5691574/93‑1 (MQ=255) gcAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCaa < 2:594598/93‑1 (MQ=255) aGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAata > 2:876429/1‑93 (MQ=255) aGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAata < 2:1262401/93‑1 (MQ=255) aGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAata < 2:284846/93‑1 (MQ=255) ggTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAatat < 1:2486753/93‑1 (MQ=255) gTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATc < 2:2134602/93‑1 (MQ=255) gTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATc > 2:7387562/1‑93 (MQ=255) gTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATc < 1:4342678/93‑1 (MQ=255) tAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATcg < 1:6741933/93‑1 (MQ=255) aGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATcgac < 2:2970985/93‑1 (MQ=255) gcgcAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATcgacg < 1:4104300/93‑1 (MQ=255) gcgcAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATcgacg < 2:5710066/93‑1 (MQ=255) cgcAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATcgacga < 1:2788809/93‑1 (MQ=255) cAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGAtt < 2:1461121/93‑1 (MQ=255) cAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGAtt > 2:4974289/1‑93 (MQ=255) aGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGAttt < 1:1189497/93‑1 (MQ=255) gggCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTc < 2:3827836/93‑1 (MQ=255) gggCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTc > 1:4423499/1‑93 (MQ=255) ggCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCa > 2:6433051/1‑93 (MQ=255) ggCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCa < 1:3430590/93‑1 (MQ=255) gCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAATGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAg > 2:6732626/1‑93 (MQ=255) cAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGt < 2:1741758/93‑1 (MQ=255) aaCCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTg < 1:585287/93‑1 (MQ=255) aCCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTgg > 1:2153537/1‑93 (MQ=255) cGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCt < 2:5954894/93‑1 (MQ=255) gATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCtt > 2:6524979/1‑93 (MQ=255) gATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCtt < 1:7005573/93‑1 (MQ=255) aTTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTg > 1:7447457/1‑93 (MQ=255) ttCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGa < 1:5230226/93‑1 (MQ=255) ttCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGa < 2:1020202/93‑1 (MQ=255) ttCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGa > 1:2357623/1‑93 (MQ=255) tGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCa < 2:7261358/93‑1 (MQ=255) tGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCa < 2:716256/93‑1 (MQ=255) tGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCa > 2:7004590/1‑93 (MQ=255) ggAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCAt < 2:5407919/93‑1 (MQ=255) 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tGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAgg < 2:2563595/93‑1 (MQ=255) tGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAgg < 1:6165125/93‑1 (MQ=255) tGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTTATCATTAAAACTCAgg > 1:1113860/1‑93 (MQ=255) ggATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAggg < 1:4273684/93‑1 (MQ=255) aTTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGGTCATTAAAGCTCACGGcc > 2:1810582/1‑93 (MQ=255) aCCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCata > 1:2261089/1‑93 (MQ=255) aCCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCata > 1:280775/1‑93 (MQ=255) aCCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCata < 2:3700707/93‑1 (MQ=255) ccTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCatat > 2:2468033/1‑93 (MQ=255) cTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATAtt > 2:424687/1‑93 (MQ=255) tGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATtg > 1:4874709/1‑93 (MQ=255) tGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATtg > 1:6532927/1‑93 (MQ=255) gAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATtgt < 1:3900156/93‑1 (MQ=255) gAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATtgt > 1:7049896/1‑93 (MQ=255) aaCGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAACTCAGGGCCATATtttg > 1:1381471/1‑93 (MQ=255) aaCGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATtgtg < 1:6428041/93‑1 (MQ=255) aCGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTgg < 2:1700790/93‑1 (MQ=255) cGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGc < 2:3448872/93‑1 (MQ=255) gCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCg > 2:4741756/1‑93 (MQ=255) cTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCgg > 2:2401109/1‑93 (MQ=255) cTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCgg > 2:6254416/1‑93 (MQ=255) tAACGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCggg < 2:2739073/93‑1 (MQ=255) tAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCggg < 2:5599269/93‑1 (MQ=255) aaCGCCCGCTCGATGATTAGCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCgggg > 1:5299850/1‑92 (MQ=255) 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gCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCGGGTCAAACACCGCTGTATGaaa < 2:3842752/93‑1 (MQ=255) gCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCGGGTCAAACACCGCTGTATGaaa < 1:1482219/93‑1 (MQ=255) gCCTGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCGGGTCAAACACCGCTGTATGaaa < 2:4512275/93‑1 (MQ=255) gCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCGGGTCAAACACCGCTGTATGaaa < 1:3889265/93‑1 (MQ=255) cccGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCGGGTCAAACACCGCTGTATGAAAt < 1:1922296/93‑1 (MQ=255) cccGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCGGGGCCAACAACGCCGGATTaaaa > 2:3219563/1‑92 (MQ=255) | GGTGGAAGAGGGTGCGCAGGTAAGCGCAGGGCAACCGATTCTGGAAATGGATCTGGATTACCTGAACGCTAACGCCCGCTCGATGATTAGCCCGGTGGTTTGCAGCAATATCGACGATTTCAGTGGCTTGATCATTAAAGCTCAGGGCCATATTGTGGCGGGTCAAACACCGCTGTATGAAATCA > NC_000913/704921‑705105 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |