| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,824,467 | 0 | T | C | 73.9% | 424.1 / 203.9 | 284 | L544P (CTA→CCA) | recG | DNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/39); new base C (104/106); total (139/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
GCTACCAGAGTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGCGTTGATGTGCCTAACGCCAGTCTGATGATTATCGAAAACCCGGAGCGTCTGG > NC_000913/3824378‑3824556 | cTACCAGAGTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGATCCacac < 2:6990488/93‑1 (MQ=255) cTACCAGAGTTGAACGTTGGCCGGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCacac < 1:1608718/93‑1 (MQ=255) tACCAGAGTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACAcc < 1:1911901/93‑1 (MQ=255) tACCAGAGTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACAcc < 2:5478511/93‑1 (MQ=255) aCCAGAGTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACct < 1:2839136/93‑1 (MQ=255) aCCAGAGTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACct < 1:5262168/93‑1 (MQ=255) aCCAGAGTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACct < 2:2128305/93‑1 (MQ=255) ccAGAGTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACctg > 2:4221969/1‑93 (MQ=255) ccAGAGTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACctg > 2:3398755/1‑93 (MQ=255) cAGAGTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACctgc < 2:2788304/93‑1 (MQ=255) cAGAGTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACctgc < 2:4306283/93‑1 (MQ=255) agagTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACctgct > 1:4576695/1‑93 (MQ=255) gagTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACctgctg > 1:418235/1‑93 (MQ=255) gagTTGAACGTTGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACctgctg > 1:308177/1‑93 (MQ=255) 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ttGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACaa > 2:1561239/1‑93 (MQ=255) tGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAAc < 1:2107553/93‑1 (MQ=255) tGGCCTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAAc < 1:1760691/93‑1 (MQ=255) gcgtGGTACACGGGCGGATGAAGCCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCg < 1:4327017/90‑1 (MQ=255) cTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAACCGtt < 1:2336956/93‑1 (MQ=255) cTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCggt > 1:6236866/1‑91 (MQ=255) cTGGTACACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCGtt < 2:6804877/93‑1 (MQ=255) acacGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGa > 1:3205569/1‑93 (MQ=255) acacGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGa < 2:3611732/93‑1 (MQ=255) cacGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGaa > 2:5193195/1‑93 (MQ=255) cGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGt > 2:1446821/1‑93 (MQ=255) cGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGt < 2:822158/93‑1 (MQ=255) gggCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTc < 2:5451068/93‑1 (MQ=255) cGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGc < 1:4480527/93‑1 (MQ=255) ggATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGCg > 2:2500502/1‑93 (MQ=255) gATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGCGt < 1:6420980/93‑1 (MQ=255) 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gAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGCGTTGa > 1:1005918/1‑93 (MQ=255) aaaCCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGCGTTGAt > 1:6724972/1‑93 (MQ=255) aaCCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGCGTTGAtg > 1:1114516/1‑93 (MQ=255) aaCCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGCGTTGAtg > 1:2634708/1‑93 (MQ=255) aCCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGCGTTGAtgt < 1:4270705/93‑1 (MQ=255) aCCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGCGTTGAtgt < 2:2067889/93‑1 (MQ=255) aCCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGCGTTGAtgt > 1:6010942/1‑93 (MQ=255) ccTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCCACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGCGTTGAtgtg < 2:4881989/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |