| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 638,137 | A→G | intergenic (‑281/‑31) | dsbG ← / → ahpC | thiol:disulfide interchange protein/alkyl hydroperoxide reductase C22 subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 638,137 | 0 | A | G | 88.1% | 781.9 / 90.0 | 304 | intergenic (‑281/‑31) | dsbG/ahpC | thiol:disulfide interchange protein/alkyl hydroperoxide reductase C22 subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/20); new base G (106/161); total (123/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
TTCACAAAGTTGTCTTACGAAGGTTGTAAGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTACATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCTTGATTAACACCAAAATTAAACCTTTTAAAAACCAGGCATTCAAAAACGGCGAATT > NC_000913/638045‑638229 | cacaAAGTTGTCTTACGAAGGTTGTAAGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCa > 2:5013899/1‑93 (MQ=255) cacaAAGTTGTCTTACGAAGGTTGTAAGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCa < 2:4126875/93‑1 (MQ=255) cacaAAGTTGTCTTACGAAGGTTGTAAGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCa > 2:3454350/1‑93 (MQ=255) cacaAAGTTGTCTTACGAAGGTTGTAAGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTACa < 1:6669449/93‑1 (MQ=255) acaAGGTTGTCTTACGAAGGTTGTAAGTTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTACAt > 2:6421200/1‑93 (MQ=255) caAGGTTGTCTTACGAAGGTTGTAAGGTAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTACAtc < 2:5484948/93‑1 (MQ=255) 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tAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGa > 2:4840142/1‑93 (MQ=255) tAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGa < 2:7070215/93‑1 (MQ=255) tAAAACTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGa < 2:7492120/93‑1 (MQ=255) aaaaCTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGAt < 1:6802160/93‑1 (MQ=255) aCTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTc < 2:1471747/93‑1 (MQ=255) cTTATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTcc < 2:2370916/93‑1 (MQ=255) tATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCtt > 2:3158921/1‑93 (MQ=255) tATCGATTTGATAATGGAAACGCATTAGCCGAATCGGCAAAAATTGGTTACCTTGCATCTCATCGAAAACACGGAGGAAGTATAGATGTCCtt < 2:4362942/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |