| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 704,130 | A→G | I322V (ATC→GTC) | nagE → | PTS system, N‑acetylglucosamine‑specific enzyme IIABC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 704,130 | 0 | A | G | 89.0% | 580.2 / 56.3 | 228 | I322V (ATC→GTC) | nagE | PTS system, N‑acetylglucosamine‑specific enzyme IIABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/9); new base G (101/102); total (117/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TACCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTC > NC_000913/704040‑704222 | tACCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTc < 1:1773611/93‑1 (MQ=255)tACCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTc < 1:5014078/93‑1 (MQ=255) aCCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCg < 1:121567/93‑1 (MQ=255) cctcctGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGa > 2:6938742/1‑93 (MQ=255) ctcctGCACGCACTTCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGAc > 2:5197307/1‑93 (MQ=255) tcctGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACt > 2:2880588/1‑93 (MQ=255) tcctGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACt > 2:5665664/1‑93 (MQ=255) cctGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTTTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGCCTa < 1:6971079/93‑1 (MQ=255) cctGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTa < 1:5699992/93‑1 (MQ=255) tGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTAcg > 1:5099343/1‑93 (MQ=255) tGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTAcg < 2:3608066/93‑1 (MQ=255) tGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTAcg > 2:203387/1‑93 (MQ=255) tGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTAcg > 1:1541605/1‑93 (MQ=255) acgcacTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGt > 2:6697555/1‑93 (MQ=255) acgcacTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTATCGACTACGCGt < 1:2288848/93‑1 (MQ=255) gcacTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTg < 1:6301474/93‑1 (MQ=255) cacTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGa < 1:5890021/93‑1 (MQ=255) cacTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGa < 2:4280958/93‑1 (MQ=255) cacTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGa > 2:1776421/1‑93 (MQ=255) cacTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGa < 2:6701373/93‑1 (MQ=255) ctgctgACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATg > 1:5334701/1‑93 (MQ=255) tgctgACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGt > 1:4600184/1‑93 (MQ=255) gctgACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGta > 1:736935/1‑93 (MQ=255) gctgACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGta < 1:3078188/93‑1 (MQ=255) tgACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGtata > 2:6084471/1‑93 (MQ=255) tgACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGtata > 1:4504888/1‑93 (MQ=255) tgACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGtata > 1:2718686/1‑93 (MQ=255) tgACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGtata > 2:2804373/1‑93 (MQ=255) tgACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGtata > 2:6776415/1‑93 (MQ=255) gACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATaa > 2:2740570/1‑93 (MQ=255) aCCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAAc < 1:2470771/93‑1 (MQ=255) aCCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTAGACTACGCGTTGATGTATAAc < 1:503464/93‑1 (MQ=255) ccGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAAcc > 1:959878/1‑93 (MQ=255) ccGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAAcc > 2:6240179/1‑93 (MQ=255) ccGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAAcc > 1:3457670/1‑93 (MQ=255) cGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCt < 1:6208258/93‑1 (MQ=255) ggTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTg < 1:2774668/93‑1 (MQ=255) ggTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTg > 2:145343/1‑93 (MQ=255) gTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTgc < 2:1099068/93‑1 (MQ=255) gTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTgc < 1:12786/93‑1 (MQ=255) gTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GCGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTgc > 2:1348653/1‑93 (MQ=255) tATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTgcc > 1:1027283/1‑93 (MQ=255) aTCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTgccg > 2:4757370/1‑93 (MQ=255) tCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGCGGGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTgccg > 1:2412850/1‑93 (MQ=255) aGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTgccggcc > 1:4820919/1‑93 (MQ=255) cTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGgccgcc > 1:7026036/1‑93 (MQ=255) tttGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCgccagc < 2:5612004/93‑1 (MQ=255) tttGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCgccagc > 2:6529417/1‑93 (MQ=255) ttGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCgccagcc < 1:1903689/93‑1 (MQ=255) ggCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGaa < 1:938631/93‑1 (MQ=255) ggCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGaa < 2:3833406/93‑1 (MQ=255) ggCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGaa > 2:7024426/1‑93 (MQ=255) gCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAAc > 2:2314124/1‑93 (MQ=255) aCGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTc < 1:6089218/93‑1 (MQ=255) ctgctgGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTgg < 2:4831193/93‑1 (MQ=255) tgctgGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGa < 2:6458645/93‑1 (MQ=255) tgctgGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGa < 2:4193058/93‑1 (MQ=255) tgctgGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGa < 2:6408339/93‑1 (MQ=255) gctgGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGAt > 2:3233002/1‑93 (MQ=255) ctgGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGAtg > 2:4372141/1‑93 (MQ=255) gggTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGAtgct < 1:3042627/93‑1 (MQ=255) gggTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGAtgct > 2:5849317/1‑93 (MQ=255) ggTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGAtgctg > 2:5346784/1‑93 (MQ=255) gTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGAtgctgc < 1:1193076/93‑1 (MQ=255) gTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGAtgctgc > 2:7395211/1‑93 (MQ=255) tATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATgctgct < 1:2758110/93‑1 (MQ=255) aTCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCAACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGctgctg < 1:744241/93‑1 (MQ=255) tCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTgg > 1:4077509/1‑93 (MQ=255) tCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTgg > 1:4913758/1‑93 (MQ=255) tCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTgg > 1:438424/1‑93 (MQ=255) ccACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGt < 2:3416814/93‑1 (MQ=255) cgGGCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATgg < 2:5062345/93‑1 (MQ=255) gggCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATggg < 1:1706895/93‑1 (MQ=255) gggCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATggg < 1:6674255/93‑1 (MQ=255) ggCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGc < 2:6391309/93‑1 (MQ=255) ggCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGc > 2:161186/1‑93 (MQ=255) gCTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCg > 1:203900/1‑93 (MQ=255) cTTCTCTTTCTCTGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGt > 1:3937172/1‑93 (MQ=255) 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ctttctctGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTAtct > 2:5480700/1‑93 (MQ=255) ctttctctGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTAtct > 2:4077681/1‑93 (MQ=255) ctttctctGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTAtct < 2:3914606/93‑1 (MQ=255) ctctGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATcttctt < 2:1291469/93‑1 (MQ=255) ctctGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATcttctt < 2:857061/93‑1 (MQ=255) ctctGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATcttctt < 1:6872959/93‑1 (MQ=255) ctctGC‑GGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATcttctt < 2:5561533/93‑1 (MQ=255) tGC‑GGGGGCTGTCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGc > 1:4196255/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |