| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 829,262 | A→G | L206P (CTG→CCG) | ybiH ← | putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 829,262 | 0 | A | G | 82.1% | 638.7 / 141.7 | 307 | L206P (CTG→CCG) | ybiH | putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/17); new base G (145/107); total (183/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GATCACGACAGGTTTTTTCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCAGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCTTTGCCAAGACGGAACGCCAGAATCTCACCAATCAAC > NC_000913/829172‑829354 | gATCACGACAGGTTTTTTCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCAGt < 2:1795191/93‑1 (MQ=255) aTCACGACAGGTTTTTTCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGtt > 2:3317048/1‑93 (MQ=255) tCACGACAGGTTTTTTCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTc > 2:2011177/1‑93 (MQ=255) cACGACAGGTTTTTTCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCg < 2:1417293/93‑1 (MQ=255) cACGACAGGTTTTTTCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCg < 1:1548618/93‑1 (MQ=255) aCGACAGGGTTTTTCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTTCAAAATCAGGGCGATATGACAGGTCACCCTCTTGGTGATCGGTGCgg > 1:1705215/1‑93 (MQ=255) 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aGGTTTTTTCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGGTATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCttt > 2:1514507/1‑93 (MQ=255) aGGTTTTTTCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCttt > 1:6862143/1‑93 (MQ=255) aGGTTTTTTCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCttt < 1:6720153/93‑1 (MQ=255) ggTTTTTTCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGGTATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCtttt < 1:7219011/93‑1 (MQ=255) ggTTTTTTCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCtttt > 1:6263013/1‑93 (MQ=255) gTTTTTTCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGGTATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTttc > 2:6644568/1‑93 (MQ=255) ttttttCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTttct > 2:2341385/1‑93 (MQ=255) tttCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCa < 1:1023880/93‑1 (MQ=255) tttCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCa < 1:2739970/93‑1 (MQ=255) tttCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCa < 2:817284/93‑1 (MQ=255) ttCATCACTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCAt > 1:1966178/1‑93 (MQ=255) catcaCTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCg > 2:2872411/1‑93 (MQ=255) atcaCTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGa > 1:4491707/1‑93 (MQ=255) atcaCTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGa > 1:7402041/1‑93 (MQ=255) atcaCTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGa > 1:2292319/1‑93 (MQ=255) atcaCTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGa > 2:4503247/1‑93 (MQ=255) tcaCTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGaa < 1:159251/93‑1 (MQ=255) caCTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAAc < 1:3997890/93‑1 (MQ=255) aCTACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAAcg > 1:3522926/1‑93 (MQ=255) tACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAAcgcg > 2:5633685/1‑93 (MQ=255) tACAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCAGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAAcgcg > 2:7008771/1‑93 (MQ=255) aCAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCgg < 1:7012185/93‑1 (MQ=255) aCAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCgg > 2:7100656/1‑93 (MQ=255) cAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGt > 2:4102752/1‑93 (MQ=255) cAAACTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGt > 1:3771495/1‑93 (MQ=255) aCTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCa > 1:2474641/1‑93 (MQ=255) aCTCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCa < 2:2829525/93‑1 (MQ=255) tCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGc > 1:3623773/1‑93 (MQ=255) tCCTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGc > 1:5575656/1‑93 (MQ=255) cTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCg > 2:5912945/1‑93 (MQ=255) cTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCg < 2:2471825/93‑1 (MQ=255) cTTTGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCg > 2:1113744/1‑93 (MQ=255) ttGCGATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCAGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAATGCGGTCCAGCCGGt > 2:2156957/1‑93 (MQ=255) gATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGt > 2:350701/1‑93 (MQ=255) gATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGt > 2:4411731/1‑93 (MQ=255) gATAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGt < 2:5463984/93‑1 (MQ=255) aTAATCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGATCCAGCCGGTACGTa < 1:4232552/93‑1 (MQ=255) aaTCTTGGCAAAACCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCAGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAAc < 1:1207960/93‑1 (MQ=255) aTCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACa > 1:6533295/1‑93 (MQ=255) aTCCTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACa < 2:4324091/93‑1 (MQ=255) ccTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGa > 1:4123626/1‑93 (MQ=255) ccTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGa < 1:6454436/93‑1 (MQ=255) cTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGaa < 1:6631225/93‑1 (MQ=255) cTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGaa < 1:5155772/93‑1 (MQ=255) cTTGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGaa > 2:3147097/1‑93 (MQ=255) tGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGCTCAGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAAtt > 1:6221092/1‑93 (MQ=255) tGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAAtt > 2:7365854/1‑93 (MQ=255) tGCAAAATCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAAtt < 1:5369688/93‑1 (MQ=255) gaTCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTc > 1:4870538/2‑93 (MQ=255) aaTCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTc > 2:3643578/1‑93 (MQ=255) aTCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCt > 2:7062329/1‑93 (MQ=255) aTCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCt < 1:3917567/93‑1 (MQ=255) tCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTTATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCtt > 1:1094428/1‑93 (MQ=255) tCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCtt > 2:3272638/1‑93 (MQ=255) tCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCtt < 1:3052165/93‑1 (MQ=255) tCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCtt < 2:5010678/93‑1 (MQ=255) tCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCtt > 2:4805699/1‑93 (MQ=255) tCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCtt < 2:101180/93‑1 (MQ=255) tCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCAGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCtt < 2:6376810/93‑1 (MQ=255) tCAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCAGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCtt < 1:6779347/93‑1 (MQ=255) cAGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCttt < 1:3265042/93‑1 (MQ=255) aGGTCGATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCTTTg < 2:5725337/93‑1 (MQ=255) gATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCTTTGCCAAg < 1:2924805/93‑1 (MQ=255) gATATGACAGGTCACCGTCTGGTTGATCGGTTCGGTCTTTTCTTCATCGAACGCGGTCCAGCCGGTACGTAACAGAATTGTTTCTTTGCCAAg > 1:5079446/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |