Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 831,133 | T→C | S347P (TCG→CCG) | rhlE → | putative ATP‑dependent RNA helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 831,133 | 0 | T | C | 84.3% | 592.8 / 109.5 | 267 | S347P (TCG→CCG) | rhlE | putative ATP‑dependent RNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/25); new base C (98/127); total (115/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
ACGTCGTCAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGTCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGATTCCGGGCTAT > NC_000913/831041‑831222 | aCGTCGTCAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGt < 1:4715549/93‑1 (MQ=255) tcgtcAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGCCGc < 2:691700/93‑1 (MQ=255) cgtcAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGTCGCt < 1:5137737/93‑1 (MQ=255) gtcAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGTCGCTg > 1:7379992/1‑93 (MQ=255) gtcAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGCCGCTg < 1:1334086/93‑1 (MQ=255) tcAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGTCGCTgg > 2:6328981/1‑93 (MQ=255) 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tNCCGGTGAAGCGTTGCCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTgn < 2:3803902/93‑2 (MQ=255) tACCGGTGAAGCGTTGCCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGc > 2:121640/1‑93 (MQ=255) ccGGTGAAGCGTTGTCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGa < 1:1504550/93‑1 (MQ=255) ccGGTGAAGCGTTGCCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGa > 1:622555/1‑93 (MQ=255) ccGGTGAAGCGTTGCCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGa > 1:237585/1‑93 (MQ=255) cGGTGAAGCGTTGCCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGAt < 1:503662/93‑1 (MQ=255) cGGTGAAGCGTTGCCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGAt < 1:4492514/93‑1 (MQ=255) cGGTGAAGCGTTGCCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGAt < 2:4602004/93‑1 (MQ=255) ggTGAAGCGTTGCCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGAtt > 2:473731/1‑93 (MQ=255) aaGCGTTGTCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGATTcccg < 1:3213717/93‑3 (MQ=255) aaGCGTTGCCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGATTCCgg < 1:6562305/93‑1 (MQ=255) aaGCGTTGCCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGATTCCgg < 2:3372142/93‑1 (MQ=255) aGCGTTGCCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGATTCCggg > 2:5995173/1‑93 (MQ=255) cGTTGCCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGATTCCGGGCt < 1:510522/93‑1 (MQ=255) | ACGTCGTCAACTATGAACTGCCAAACGTACCTGAAGATTATGTCCACCGTATCGGGCGTACCGGTCGTGCGGCTGCTACCGGTGAAGCGTTGTCGCTGGTGTGTGTTGATGAACACAAACTGCTGCGTGATATCGAAAAACTGCTGAAAAAAGAGATCCCGCGCATTGCGATTCCGGGCTAT > NC_000913/831041‑831222 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |