| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,015,850 | T→C | Q558R (CAG→CGG) | b0955 ← | putative ATP‑dependent protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,015,850 | 0 | T | C | 83.9% | 613.9 / 114.2 | 274 | Q558R (CAG→CGG) | b0955 | putative ATP‑dependent protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/19); new base C (109/121); total (134/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
CGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCCCAG > NC_000913/1015759‑1015942 | aTCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGa > 2:4573085/1‑93 (MQ=255) aTCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGa < 2:4437783/93‑1 (MQ=255) aTCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGa > 2:5500748/1‑93 (MQ=255) tCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGAt > 1:2251155/1‑93 (MQ=255) tCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGAt > 1:1086333/1‑93 (MQ=255) ggTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATgg > 2:41336/2‑93 (MQ=255) aGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATgg < 2:7153577/93‑1 (MQ=255) aGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATgg < 1:3426512/93‑1 (MQ=255) ttCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGtt < 2:1664649/93‑1 (MQ=255) ttCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGtt < 1:5246929/93‑1 (MQ=255) tCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGttt < 1:194362/93‑1 (MQ=255) ggAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGc < 2:6795138/93‑1 (MQ=255) gAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCa < 1:5820350/93‑1 (MQ=255) gAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCa > 2:7247889/1‑93 (MQ=255) gAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCa < 2:293773/93‑1 (MQ=255) aaTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCAt < 2:1702677/93‑1 (MQ=255) aaTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCAt < 1:5665788/93‑1 (MQ=255) aTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATc > 1:6020402/1‑93 (MQ=255) aTAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATc < 1:135483/93‑1 (MQ=255) tAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCa > 1:3368472/1‑93 (MQ=255) aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGc > 1:7199412/1‑93 (MQ=255) aaCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGc > 1:6089336/1‑93 (MQ=255) aCCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcg > 2:6747300/1‑93 (MQ=255) ccAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgt < 2:5688195/93‑1 (MQ=255) cAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtc > 1:6466181/1‑93 (MQ=255) cAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgtc > 1:2565709/1‑93 (MQ=255) cAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgtc < 1:5490649/93‑1 (MQ=255) gTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgtcgt < 1:921799/93‑1 (MQ=255) gTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGcgtcgt > 1:4993815/1‑93 (MQ=255) ttCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGtt > 1:3825769/1‑93 (MQ=255) ttCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGtt < 2:4841110/93‑1 (MQ=255) tCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGttt > 2:1582375/1‑93 (MQ=255) gCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGc < 1:3092317/93‑1 (MQ=255) aaCGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCtt > 2:3601908/1‑93 (MQ=255) aaCGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCtt < 2:4613584/93‑1 (MQ=255) aCGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTc < 1:1468452/93‑1 (MQ=255) aCGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTc < 1:3726171/93‑1 (MQ=255) gTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGc < 2:5048513/93‑1 (MQ=255) tAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGcc > 1:773737/1‑93 (MQ=255) aaTGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCa < 2:329700/93‑1 (MQ=255) aaTGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCa > 1:2115604/1‑93 (MQ=255) aTGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCAt > 2:854579/1‑93 (MQ=255) ggCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATcc < 1:509463/93‑1 (MQ=255) cATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCcac > 1:265401/1‑93 (MQ=255) cATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCcac > 1:4553385/1‑93 (MQ=255) cATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCcac > 1:6744935/1‑93 (MQ=255) 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cGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGAttt > 1:1753344/1‑93 (MQ=255) ggTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTta < 2:2135436/93‑1 (MQ=255) gACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTtaata < 1:3516937/93‑1 (MQ=255) gACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTtaata < 1:3265410/93‑1 (MQ=255) gACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTtaata > 2:7354039/1‑93 (MQ=255) aCGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTtaataa < 1:6143121/93‑1 (MQ=255) aCGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTtaataa < 2:7077377/93‑1 (MQ=255) gTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCCGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTtaataata < 2:1120679/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |