| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,019,358 | T→C | intergenic (‑82/+275) | ompA ← / ← sulA | outer membrane protein 3a/suppressor of lon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,019,358 | 0 | T | C | 89.7% | 615.7 / 53.4 | 232 | intergenic (‑82/+275) | ompA/sulA | outer membrane protein 3a/suppressor of lon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/6); new base C (104/104); total (122/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GTCTTTTTCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCTGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAAGTGTG > NC_000913/1019266‑1019449 | tttttCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCt > 1:6587852/1‑93 (MQ=255) tttttCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCt > 2:6565710/1‑93 (MQ=255) ttCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCaa > 2:3891105/1‑93 (MQ=255) ttCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCaa > 1:2986095/1‑93 (MQ=255) tCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAat < 2:2351413/93‑1 (MQ=255) aTTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAatat > 2:4942630/1‑93 (MQ=255) aTTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAatat > 2:5441224/1‑93 (MQ=255) tttttGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTa < 2:7068737/93‑1 (MQ=255) ttttGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTaa < 1:7451848/93‑1 (MQ=255) tttGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAAc < 2:7494326/93‑1 (MQ=255) tGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAActc < 2:2342298/93‑1 (MQ=255) cgcCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTa < 1:3114041/93‑1 (MQ=255) gcCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTAc > 1:2015776/1‑93 (MQ=255) gcCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTAc < 2:1385524/93‑1 (MQ=255) 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ttATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCTGCTCAATATTAACTCTACCGatat > 1:6820796/1‑93 (MQ=255) ttATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGatat > 1:5087525/1‑93 (MQ=255) tATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATc > 1:3711842/1‑93 (MQ=255) tATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATc > 2:3135774/1‑93 (MQ=255) catcCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTc < 2:178721/93‑1 (MQ=255) atcCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCg < 1:1788709/93‑1 (MQ=255) tcCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCgg > 2:6256853/1‑93 (MQ=255) tcCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCgg > 1:5999938/1‑93 (MQ=255) tcCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCgg > 2:5523758/1‑93 (MQ=255) ccAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGc < 1:920429/93‑1 (MQ=255) ccAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGc > 1:7481810/1‑93 (MQ=255) aaaaTACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCtt < 1:1912770/93‑1 (MQ=255) aaaTACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCTATATCTTCGGCTTa < 2:6444484/93‑1 (MQ=255) aaaTACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTa < 1:4921932/93‑1 (MQ=255) aaTACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTAt > 2:6006238/1‑93 (MQ=255) aaTACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTAt > 2:2412982/1‑93 (MQ=255) 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tcCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCg > 2:5257422/1‑93 (MQ=255) ccAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGa < 2:6768956/93‑1 (MQ=255) ccAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGa < 1:3687625/93‑1 (MQ=255) ccAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGa < 1:3297417/93‑1 (MQ=255) cAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCTGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGAt < 2:2520942/93‑1 (MQ=255) cAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGAt > 2:1052410/1‑93 (MQ=255) aaCGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCTGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATg > 2:274862/1‑93 (MQ=255) aaCGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATg > 2:6335951/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |