| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,281,011 | A→G | H642R (CAC→CGC) | narG → | nitrate reductase 1 alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,281,011 | 0 | A | G | 83.8% | 590.9 / 102.6 | 266 | H642R (CAC→CGC) | narG | nitrate reductase 1 alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/14); new base G (135/88); total (164/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
TTTCTATAACCACTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAACCCGCTGACTATCGCTGGCGA > NC_000913/1280919‑1281101 | tCTATAACCACTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCt < 1:5880821/93‑1 (MQ=255) cTATACCCACTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCtt < 1:1018570/93‑1 (MQ=255) cTATAACCACTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACtt > 2:1633954/1‑93 (MQ=255) tataCCCCCTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTg < 1:3986105/93‑1 (MQ=255) ataACCACTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGa < 1:7213685/93‑1 (MQ=255) ataACCACTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGa < 1:5732974/93‑1 (MQ=255) taACCACTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGAt > 1:2593246/1‑93 (MQ=255) aaCCACTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATc > 2:1396280/1‑93 (MQ=255) aCCACTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCg > 2:5616203/1‑93 (MQ=255) cACTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGAc > 2:287199/1‑93 (MQ=255) cACTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAAAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGAc > 1:6216452/1‑93 (MQ=255) aCTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACt > 2:4564287/1‑93 (MQ=255) aCTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACt > 2:6127195/1‑93 (MQ=255) aCTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACt > 1:3064244/1‑93 (MQ=255) cTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACtt < 1:6919087/93‑1 (MQ=255) cTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACtt > 1:7327679/1‑93 (MQ=255) cTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACtt < 1:927409/93‑1 (MQ=255) cTCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACtt > 2:1558569/1‑93 (MQ=255) tCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACttt > 2:2768168/1‑93 (MQ=255) tCCAGCCAGTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACttt > 2:55115/1‑93 (MQ=255) ccagccagTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTa < 1:4426022/93‑1 (MQ=255) agccagTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAAc < 1:6393267/93‑1 (MQ=255) gccagTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACg > 2:6729451/1‑93 (MQ=255) gccagTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACTTTAACg < 2:657763/93‑1 (MQ=255) ccagTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGt > 1:1853383/1‑93 (MQ=255) ccagTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACTTTAACGt > 1:3884088/1‑93 (MQ=255) cagTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTc < 1:5696107/93‑1 (MQ=255) cagTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTc > 1:3296621/1‑93 (MQ=255) agTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTcc > 2:3840246/1‑93 (MQ=255) agTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACTTTAACGTcc > 1:6574943/1‑93 (MQ=255) gTGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCg < 2:3546793/93‑1 (MQ=255) tGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGt > 1:294353/1‑93 (MQ=255) tGGCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGt > 1:3595164/1‑93 (MQ=255) gCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGc > 1:2366755/1‑93 (MQ=255) gCGTTATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACTTTAACGTCCGTGc > 2:7140010/1‑93 (MQ=255) ttATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGGTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGa > 1:4521234/1‑93 (MQ=255) ttATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGa > 2:479081/1‑93 (MQ=255) ttATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGa > 1:6264190/1‑93 (MQ=255) tATGAAACCGTCACGGCGGAAAGAGTTGCTGTCACCGAGGGCGGACAAATCCCGCTAAACCGGACGCTTGATCGACTTTAAAGTCCGGGCGGa > 1:7457785/1‑93 (MQ=255) tATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGaa < 2:5771522/93‑1 (MQ=255) tATGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGaa > 2:4663664/1‑93 (MQ=255) aTGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAAc < 1:4254121/93‑1 (MQ=255) tGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACg > 2:6977152/1‑93 (MQ=255) tGAAACCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACg > 1:1918371/1‑93 (MQ=255) aaaCCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCa < 2:2204152/93‑1 (MQ=255) aaCCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCAt > 2:2523609/1‑93 (MQ=255) aaCCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCAt > 1:2518334/1‑93 (MQ=255) aCCGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATg < 2:4060744/93‑1 (MQ=255) ccGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATgg < 2:4325050/93‑1 (MQ=255) ccGTCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATgg < 1:2216444/93‑1 (MQ=255) tCACGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGggct > 1:459540/1‑93 (MQ=255) aCGGCGG‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGggctgg < 1:1696480/93‑1 (MQ=255) cggcgg‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGggctggc < 2:3448106/93‑1 (MQ=255) ggcgg‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGggctggct < 1:471575/93‑1 (MQ=255) cgg‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGc < 1:864763/93‑1 (MQ=255) cgg‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGc > 2:3959378/1‑93 (MQ=255) g‑AAGAGTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCg > 1:1197670/1‑93 (MQ=255) agTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTg < 2:3348091/93‑1 (MQ=255) gTTGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGc > 1:942513/1‑93 (MQ=255) ttGCTGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCa < 1:6810910/93‑1 (MQ=255) tGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGc > 2:246640/1‑93 (MQ=255) tGTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGc > 2:6478957/1‑93 (MQ=255) gTCACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCa > 1:368106/1‑93 (MQ=255) nnaCCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAg < 1:3246019/91‑1 (MQ=255) cACCGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGt < 2:741662/93‑1 (MQ=255) ccGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTa < 1:495293/93‑1 (MQ=255) cGATGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAg < 1:5368926/93‑1 (MQ=255) aTGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGc > 2:4401949/1‑93 (MQ=255) aTGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACACTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGc > 2:2708858/1‑93 (MQ=255) tGGCGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCa > 1:6868091/1‑93 (MQ=255) cGGACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTa < 2:115325/93‑1 (MQ=255) ggACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTaa > 1:1433138/1‑93 (MQ=255) ggACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTaa < 2:3799960/93‑1 (MQ=255) gACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAAc > 2:3153624/1‑93 (MQ=255) gACAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAAc > 2:1478865/1‑93 (MQ=255) aCAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAAcc < 1:3383562/93‑1 (MQ=255) aCAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAAcc < 1:5536913/93‑1 (MQ=255) aCAAATCCCGCTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAAcc < 1:6059115/93‑1 (MQ=255) 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cTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAACCCGCTGACTAt > 2:822571/1‑93 (MQ=255) cTATACCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAACCCGCTGACTAt > 2:4913860/1‑93 (MQ=255) cTATACCGGACACTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAACCCGCTGACTAt > 2:5349619/1‑93 (MQ=255) tataCCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAACCCGCTGACTATc > 2:3399147/1‑93 (MQ=255) tataCCGGACACTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAACCCGCTGACTATc > 1:6635718/1‑93 (MQ=255) ataCCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAACCCGCTGACTATCg > 1:5176398/1‑93 (MQ=255) ataCCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAACCCGCTGACTATCg < 1:2709112/93‑1 (MQ=255) taCCGGACGCTTGATCGACTTTAACGTCCGTGCGGAACGCATGGGCTGGCTGCCGTCTGCACCGCAGTTAGGCACTAACCCGCTGACTATCGc > 2:1803464/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |