Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,332,547 | G→A | T223T (ACG→ACA) | cysB → | positive transcriptional regulator for cysteine regulon |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,332,547 | 0 | G | A | 84.7% | 750.8 / 89.1 | 274 | T223T (ACG→ACA) | cysB | positive transcriptional regulator for cysteine regulon |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/24); new base A (134/98); total (152/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.14e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
CCGTTGGTGACATATACCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACGGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGCATGGCGGTGGATCCGGTCGCCGATC > NC_000913/1332455‑1332638 | ccGTTGGTGACATATACCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACg > 1:4245114/1‑93 (MQ=255) gTTGGTGACATATACCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGc < 1:1856340/93‑1 (MQ=255) tGGTGACATATCCCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCaa < 1:4596782/93‑1 (MQ=255) tGGTGACATATACCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCaa < 2:7308305/93‑1 (MQ=255) tGGTGACATATACCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCaa > 1:7254393/1‑93 (MQ=255) gTGACATATACCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACg < 1:4373497/93‑1 (MQ=255) gTGACATATACCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACg < 1:7187551/93‑1 (MQ=255) tGACATATACCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACGGCAACgg > 1:6842972/1‑93 (MQ=255) gACATATACCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACGGCAACGGa < 2:5823573/93‑1 (MQ=255) gACATATACCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGa > 2:5892549/1‑93 (MQ=255) gACATATACCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGa < 2:1934035/93‑1 (MQ=255) cATATACCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATg > 1:3355928/1‑93 (MQ=255) atatACCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGc > 2:5639425/1‑93 (MQ=255) tataCCTTTGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCt > 1:3977851/1‑93 (MQ=255) tataCCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCt > 1:7020044/1‑93 (MQ=255) tataCCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCt < 2:1875437/93‑1 (MQ=255) aataCCTTCGGCTTTACCGAACGTTAAGACCTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAGCGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCt < 1:7462201/92‑1 (MQ=255) ataCCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACGGCAACGGATGCTg > 1:3694929/1‑93 (MQ=255) taCCTTCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGa < 2:6960804/93‑1 (MQ=255) ccTTTGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACg < 2:640964/93‑1 (MQ=255) ttCGGCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTc > 1:5302499/1‑93 (MQ=255) ggCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCAtt < 2:430503/93‑1 (MQ=255) gCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTa > 2:732023/1‑93 (MQ=255) gCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTa > 1:6034973/1‑93 (MQ=255) gCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTa > 2:4927566/1‑93 (MQ=255) gCTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTa > 2:5779282/1‑93 (MQ=255) cTTTACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTaa > 1:6125644/1‑93 (MQ=255) tttACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTaaa > 2:4414915/1‑93 (MQ=255) ttACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTaaaa > 2:6268602/1‑93 (MQ=255) tACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAAc < 2:376172/93‑1 (MQ=255) tACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAAc > 2:1363640/1‑93 (MQ=255) tACCGGACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAAc > 2:541664/1‑93 (MQ=255) ggACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTAc < 2:5124533/93‑1 (MQ=255) ggACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTAc < 1:5556246/93‑1 (MQ=255) gACGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACg < 2:4784933/93‑1 (MQ=255) aCGTTCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGt < 1:6642898/93‑1 (MQ=255) ttCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCg > 2:5081899/1‑93 (MQ=255) ttCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCg > 2:84159/1‑93 (MQ=255) ttCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCg > 1:2156815/1‑93 (MQ=255) tCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACGGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCgg < 1:1502832/93‑1 (MQ=255) tCAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCgg > 1:6562162/1‑93 (MQ=255) cAGAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGt > 2:2651537/1‑93 (MQ=255) gAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTa > 2:6645188/1‑93 (MQ=255) gAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTa < 2:4761127/93‑1 (MQ=255) gAACTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTa < 1:3281186/93‑1 (MQ=255) aaCTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAg < 1:1440095/93‑1 (MQ=255) aCTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAgg < 1:2608643/93‑1 (MQ=255) cTGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAggg < 1:3101751/93‑1 (MQ=255) tGGATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGc < 1:4709756/93‑1 (MQ=255) ggATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCt > 2:2827182/1‑93 (MQ=255) gATACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTg > 1:3814564/1‑93 (MQ=255) aTACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACGGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTgg < 2:2412672/93‑1 (MQ=255) tACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACGGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTggg < 2:249254/93‑1 (MQ=255) tACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTggg > 1:2794054/1‑93 (MQ=255) tACTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTggg < 1:5788558/93‑1 (MQ=255) aCTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTgggg < 2:5188746/93‑1 (MQ=255) cTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTggggg < 2:4639925/93‑1 (MQ=255) cTGCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTggggg > 2:3859972/1‑93 (MQ=255) gCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTa < 2:3587078/93‑1 (MQ=255) gCCTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTa > 1:4494600/1‑93 (MQ=255) ccTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACGGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAg > 2:220904/1‑93 (MQ=255) cTTTAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAgg > 1:6233982/1‑93 (MQ=255) tttAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACGGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAggg > 2:4875273/1‑93 (MQ=255) tttAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAggg > 2:7475800/1‑93 (MQ=255) ttAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAgggg > 2:4070121/1‑93 (MQ=255) tAATCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGt > 2:3058900/1‑93 (MQ=255) aaTCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTc > 1:2044562/1‑93 (MQ=255) aTCGCGCAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCa > 2:1637312/1‑93 (MQ=255) gcgcAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACGGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTg > 1:5702391/1‑93 (MQ=255) gcgcAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTg > 2:631713/1‑93 (MQ=255) gcAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGAGGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGcc > 1:5185469/1‑93 (MQ=255) cAGGGTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCa < 2:6851072/93‑1 (MQ=255) gggTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGc > 1:3832367/1‑93 (MQ=255) gggTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGc > 2:417562/1‑93 (MQ=255) ggTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGCa > 1:2901853/1‑93 (MQ=255) ggTTAACGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGCa > 2:6610311/1‑93 (MQ=255) aaCGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGCATGGc < 2:3284186/93‑1 (MQ=255) aaCGCCGCGTATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGCATGGc < 2:4988765/93‑1 (MQ=255) 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tATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGCATGGCGGTGGATcc > 1:6656295/1‑93 (MQ=255) tATCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGCATGGCGGTGGATcc < 1:5888954/93‑1 (MQ=255) aTCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGCATGGCGGTGGATCCg > 1:25139/1‑93 (MQ=255) aTCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGCATGGCGGTGGATCCg < 1:754998/93‑1 (MQ=255) tCGTTTTCACGGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGCATGGCGGTGGATCCgg < 1:4860828/93‑1 (MQ=255) tCGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGCATGGCGGTGGATCCgg > 2:7184785/1‑93 (MQ=255) cGTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGCATGGCGGTGGATCCGGt < 1:3072509/93‑1 (MQ=255) gTTTTCACAGCAACGGATGCTGACGTCATTAAAACTTACGTCCGGTTAGGGCTGGGGGTAGGGGTCATTGCCAGCATGGCGGTGGATCCGGTc > 1:6450751/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |