Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,381,611 | A→G | I125I (ATT→ATC) | ycjW ← | putative LACI‑type transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,381,611 | 0 | A | G | 87.6% | 488.3 / 52.8 | 194 | I125I (ATT→ATC) | ycjW | putative LACI‑type transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/16); new base G (77/93); total (85/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
TGACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATAATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTAATTTTGCTTTCGCATTTTTGCAGATCTTCTGCCGGATTGTGCGACGTTTGTAATATCACGTCGAAAC > NC_000913/1381519‑1381702 | gACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCAtaataa < 1:2382846/93‑1 (MQ=255) gACCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCAtaataa < 1:5620790/93‑1 (MQ=255) aCCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAGAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATaatgat > 2:6789698/1‑93 (MQ=255) aCCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATaatgat < 1:4825860/93‑1 (MQ=255) aCCTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATaatgat < 1:2956480/93‑1 (MQ=255) ccTTCAACTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAatgatg > 2:6345885/1‑93 (MQ=255) 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aCTTTGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTa < 1:313850/93‑1 (MQ=255) tttGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATAATGCCTTTAAt > 2:1151893/1‑93 (MQ=255) ttGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATc < 2:802602/93‑1 (MQ=255) tGCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCa < 1:1339430/93‑1 (MQ=255) gCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCAt < 2:187858/93‑1 (MQ=255) gCCAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATAATGCCTTTAATCAt < 2:6400829/93‑1 (MQ=255) ccAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCAtt > 2:168186/1‑93 (MQ=255) ccAATCACCACCACCGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCAtt < 1:122542/93‑1 (MQ=255) 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caccaccGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCATTTTCTGCtt > 2:5270009/1‑93 (MQ=255) accaccGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTa > 2:7371931/1‑93 (MQ=255) accaccGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTa > 2:4298336/1‑93 (MQ=255) ccaccGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTaa > 2:3456115/1‑93 (MQ=255) accGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTAAtt > 1:7484770/1‑93 (MQ=255) accGGAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATAATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTAAtt > 2:4351741/1‑93 (MQ=255) gAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTAATTTTGc > 1:1639342/1‑93 (MQ=255) gAATATCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCACTTTCTGCTTAATTTTGc < 1:3108250/93‑1 (MQ=255) 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atCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTAATTTTGCTTTc < 1:821817/93‑1 (MQ=255) tCATATTTATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTAATTTTGCTTTCg > 1:63676/1‑93 (MQ=255) ttATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTAATTTTGCTTTCGCAtttt < 1:6556911/93‑1 (MQ=255) tATCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTAATTTTGCTTTCGCAttttt > 1:6001138/1‑93 (MQ=255) tCGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTAATTTTGCTTTCGCATTTTTGc > 1:3058533/1‑93 (MQ=255) cGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTAATTTTGCTTTCGCATTTTTGCa < 2:1023653/93‑1 (MQ=255) cGAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATAATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTAATTTTGCTTTCGCATTTTTGCa < 2:7490039/93‑1 (MQ=255) gAGTTGGGCAAAAAATGACTCATCCGCTGGCGAACTGAGCATAATGATGCCTTTAATCATTTTCTGCTTAATTTTGCTTTCGCATTTTTGCAg < 2:5994148/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |