| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,434,318 | C→T | W200* (TGG→TGA) | b1377 ← | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,434,318 | 0 | C | T | 88.4% | 775.2 / 59.1 | 258 | W200* (TGG→TGA) | b1377 | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/9); new base T (118/110); total (139/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.88e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
GTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCATTACTGGCTCCTTCGTTGTTACCTTGATACTGCAC > NC_000913/1434226‑1434410 | gTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGAccc > 2:1967435/1‑93 (MQ=255) aTGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCa > 1:3704148/1‑93 (MQ=255) ggTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGc < 2:6960300/93‑1 (MQ=255) ggTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGc < 2:571952/93‑1 (MQ=255) gTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGcc < 2:6919933/93‑1 (MQ=255) gTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGcc > 2:2138691/1‑93 (MQ=255) aCCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCa > 2:2271751/1‑93 (MQ=255) ccTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCAc < 1:284052/93‑1 (MQ=255) cTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCAcc > 2:6573148/1‑93 (MQ=255) ggTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGt < 2:6600754/93‑1 (MQ=255) gTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGtt < 1:7287761/93‑1 (MQ=255) aTTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTc > 1:2159827/1‑93 (MQ=255) aTTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTc < 1:1123330/93‑1 (MQ=255) ttGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCa < 2:3933482/93‑1 (MQ=255) ttGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCa > 2:3693885/1‑93 (MQ=255) ttGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCa < 1:378398/93‑1 (MQ=255) ggTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATg < 1:7378748/93‑1 (MQ=255) ggTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATg < 2:5297401/93‑1 (MQ=255) ggTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATg > 1:1203515/1‑93 (MQ=255) gTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATgg > 1:903791/1‑93 (MQ=255) gTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATgg < 1:1701096/93‑1 (MQ=255) tGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGc > 1:3036110/1‑93 (MQ=255) 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gagGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGt > 2:2648891/1‑93 (MQ=255) gtgtATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCg > 1:7022544/1‑93 (MQ=255) tgtATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCgt < 1:5594711/93‑1 (MQ=255) gtATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCgtt < 1:1585441/93‑1 (MQ=255) tATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCgttg < 2:1572020/93‑1 (MQ=255) tGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCgttgtt < 2:625542/93‑1 (MQ=255) ccGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTgg < 2:4310139/93‑1 (MQ=255) cGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGt < 2:1271962/93‑1 (MQ=255) gCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTg > 2:3055608/1‑93 (MQ=255) aCCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGcc > 2:6308946/1‑93 (MQ=255) aCCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGcc > 2:1389227/1‑93 (MQ=255) ccAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCt > 2:2501442/1‑93 (MQ=255) aGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTc > 1:44192/1‑93 (MQ=255) cgcTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCt < 2:4663360/93‑1 (MQ=255) gcTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTg < 2:3784613/93‑1 (MQ=255) gcTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTg > 2:4760472/1‑93 (MQ=255) 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gCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCAtt > 1:2097456/1‑93 (MQ=255) gCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCAtt > 1:588577/1‑93 (MQ=255) gCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCAtt < 2:2315135/93‑1 (MQ=255) ccATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCgttgt < 1:1440768/72‑1 (MQ=255) ccATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCATTAc > 1:4442274/1‑93 (MQ=255) ccATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCATTAc < 1:2210133/93‑1 (MQ=255) cATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCATTACt > 1:3589167/1‑93 (MQ=255) aTGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCATTACTg > 2:5834707/1‑93 (MQ=255) ccTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGGCTTCCTGACCATTACTGGCt > 1:7177130/1‑93 (MQ=255) ccTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCATTACTGGCt > 2:3868225/1‑93 (MQ=255) tAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCATTACTGGCTcc > 1:5819850/1‑93 (MQ=255) tAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCATTACTGGCTcc > 1:6054547/1‑93 (MQ=255) tAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCATTACTGGCTcc > 1:6128729/1‑93 (MQ=255) tAAATCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCATTACTGGCTcc > 1:4177158/1‑93 (MQ=255) aaaTCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCATTACTGGCTCCt < 1:1849188/93‑1 (MQ=255) anTCATATGTTGTGGAAAGACCTCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTTCCTGACCATTACTGGCTCCtt < 2:5932741/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |