| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,598,357 | T→C | A303A (GCA→GCG) | ydeW ← | putative transcriptional regulator, sorC family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,598,357 | 0 | T | C | 90.3% | 606.6 / 49.0 | 226 | A303A (GCA→GCG) | ydeW | putative transcriptional regulator, sorC family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/13); new base C (125/79); total (134/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.17e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TCCTCTATACGTTCTCCATCATTCCCGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTATTTTCTCCCCCTGCCACGCCAACCCGGACGGGTATGGTCTTCA > NC_000913/1598266‑1598448 | ctctATACGTTCTCCATCATTCCCGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGcgcg > 1:6588794/1‑93 (MQ=255) tataCGTTCTCCATCATTCCCGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTg > 2:4529404/1‑93 (MQ=255) tataCGTTCTCCATCATTCCCGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTg > 2:1895540/1‑93 (MQ=255) tataCGTTCTCCATCATTCCCGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTg < 1:2840456/93‑1 (MQ=255) tataCGTTCTCCATCATTCCCGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTg > 2:1184969/1‑93 (MQ=255) ataCGTTCTCCATCATTCCCGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGa > 2:3759272/1‑93 (MQ=255) 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atcatTCCCGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCt < 2:2648288/93‑1 (MQ=255) tcatTCCCGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCtt > 1:992150/1‑93 (MQ=255) ttCCCGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCa > 1:4689909/1‑93 (MQ=255) ttCCCGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCa < 1:7302931/93‑1 (MQ=255) ttCCCGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCa > 1:148247/1‑93 (MQ=255) cGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGTGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGc > 2:539338/1‑93 (MQ=255) cGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGc > 2:6118284/1‑93 (MQ=255) cGGTAATAAGGTCATGCAAATTTAACTACGGAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGc < 1:4145392/93‑1 (MQ=255) 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aTGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCt < 1:3501143/93‑1 (MQ=255) aTGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCt < 1:4738367/93‑1 (MQ=255) tGCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCtt < 1:2105179/93‑1 (MQ=255) gCAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTc < 2:4188672/93‑1 (MQ=255) cAAATTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCg < 1:1377190/93‑1 (MQ=255) aaTTTTACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGc > 2:7482712/1‑93 (MQ=255) aaTTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGc > 2:4971614/1‑93 (MQ=255) aaTTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGc < 1:4453351/93‑1 (MQ=255) aTTTAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCt > 1:5704750/1‑93 (MQ=255) tttAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCtt > 1:1839468/1‑93 (MQ=255) tttAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCtt > 1:1945341/1‑93 (MQ=255) tAACTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTa > 1:2225069/1‑93 (MQ=255) aaCTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTTCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTAt > 1:5662287/1‑93 (MQ=255) cTACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTAttt < 2:1428545/93‑1 (MQ=255) tACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTAtttt < 2:583817/93‑1 (MQ=255) tACGTAAAATCGCCGCTGCTGTGTCCTGATCGGTAACCAGCGCGTTGATATAACCGCCTTTCATTGCAGCGGCAATTGCTTCGGCTTTAtttt > 1:1201522/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |